中文网站
Nat Med | In multi-omics oanpak om de yntegreare tumor te mappen, immuun en mikrobiaal of mikrobiaal fan kleurektale kanker iepenbiere de ynteraksje fan it mikrobiome mei it ymmúnsysteem
Hoewol Biomarders foar primêre kolonisearret yn 'e ôfrûne jierren yn' e ôfrûne jierren studeare binne, fertrage hjoeddeistige klinyske planten fan DNA-lilkens (MMR) (Mmsatellite-instabiliteit (njonken Standert Pathology Testing) om te bepalen. Undersikers hawwe in gebrek oan feriening opmurken tusken Gene-ekspresje, mikrobyske proeflokken, en tumor stroma yn 'e kanker genomentlas (TCGA) COLOCKE ATLINER COOLCER CANTER COHORT EN PASCHE SURVIVAL.
Wylst ûndersyk is foarútgong, kwantitative kanker, ynklusyf kanker sellulêr, ymmún, of mikrobiaal, of mikrobyske útkomsten, mar d'r is noch altyd beheind begryp fan hoe't har ynteraksjes ynfloed hawwe fan pasjint-útkomsten beynfloedzje.
Om de relaasje te dissearjen tusken Fenotypyske kompleksiteit en útkomst, in team ûndersikers fan 'e Sidra-ynstitút yn Qatar ûntwikkele en falideare in yntegreare) dy't in groep pasjinten identifisearre mei Goede Surbiven-tariven en ymmektleekens en ymmektleekens (icr). It team útfierde in wiidweidige gehrose analyse fan frisseamers fan 348-pasjinten mei primêre keamend, en mei sûne keamers, ynklusyf troch heule tumor genoom ynfold om fierder te karakterisearjen. De stúdzje waard publisearre yn natuer medisyn as "in yntegreare tumor, ymmún en mikrobyske atlas fan kolon kanker".
Kêst publisearre yn Nature Medicine
AC-ICAM oersjoch
Undersikers brûkten in ortogonaal genomyske platfoarm om farske tumor-samples te analysearjen en oerienkommende sûne katten (tumor-normale poarten) fan pasjinten mei in histologyske diagnoaze fan in systemyske kanker sûnder systemen terapy. Basearre op heule saken (wes), RNA-SEQ-gegevenskontrôle, en ynklusyf kritearia-screening, waarden genomyske gegevens fan 348 waarden behâlden en brûkt foar downstream-analyse mei in mediaan-ferfolch fan 4,6 jier. It ûndersyksteam neamde dizze boarne Sidra-Lumc AC-ICAM: in kaart en gids oan foar ymmun-kanker-mikrobyske ynteraksjes (figuer 1).
Molekulêre klassifikaasje mei icr
In modulêre set fan ymmún fan 'e immunosurvant fan' e konannemanduren omfetsje, de icr-konstant fan ôfwizing (icr) naam yn in 20-gee-paner, ynklusyf Melanoma, blaaskanker, en boarstkanker. Icr is ek assosjeare mei immunotherapy-antwurd yn in ferskaat oan kankertypen, ynklusyf boarstkanker.
Earst validearden de ûndersikers de icr-hantekening fan 'e AC-ICAM COHORT, mei help fan in ICR Gene-basearre ko-klassifikaasje yn trije klusters / Imm (Hot-tumors), Medium ICR en Lege icr en Lege icr (kâlde tumors). Undersikers karakter wurdearje de Immún-propenheid ferbûn mei konsensusmolektyf subtypes (cms), in transkripde-basearre klassifikaasje fan kolonkanker. De CMS-kategoryen omfette CMS1 / Immune, CMS2 / Kanonyske, CMS3 / Metabolic en CMS4 / Mesenchymal. Analyse liet sjen dat ICR-skoares negatyf korreleare wiene mei bepaalde kankerpaad yn alle cms-subtypen, en positive korrelaasjes mei immunosuppressive en stromale-relatearre paden waarden allinich waarnommen yn CMS4 Tumors.
Yn alle cms, de oerfloed fan natuerlike killer (NK) sellende-subsets wie it heechst yn icr-fariabiliteit yn 'e ORGive-immuist, mei in progressyf ferheegje (Figueren 1D), validet de prognostyske rol fan icr yn Klobeektale kanker.
Figuer 1. Untwerp fan AC-ICAM-stúdzje, immuun-relatearre gen-hantekening, ymmún en molekulêre subtype en oerlibjen.
ICR fange tumor-ferryke, klonlike fersterke T-sellen
Allinich in minderheid fan T-sellen Infiltrearje Tumor-tissue is rapporteare om spesifyk te wêzen foar tumor-antigens (minder dan 10%). Dêrom wurde de mearderheid fan Intra-Tumor T-sellen ferwiisd as trochstander T-sellen (trochstanner T-sellen). De sterkste korrelaasje mei it oantal konvinsjonele T-sellen mei produktive waard waarnommen yn Stromal Cell en Leukocyte-subpopulaasjes (ûntdutsen troch RNA-SEQ), dy't kin wurde brûkt om TIME-subpopulaasjes te skatten (Figuer 2a). Yn 'e ICR-klusters (algemiene en CMS-klassifikaasje) waarden de heechste klonaliteit fan Immune SEQ TCRS waarnommen yn' e iCR-hege en CMS-subtype CMS1 / Immune-groepen (Figuer 2C), mei it heechste diel fan ic-hege tumors. Mei help fan it heule transkripde (18.270-genen), seis icr Genes (IFNG, stat1, IRF1, CCL5, CCL5, GZMA, en CXCL10) wiene mei posityf ferbûn mei TRCR Immune Seq Clonity (Figuer 2D). Immunoseq TCR-klonaliteit korreleare mei de measte icr genen dan de korrelaasjes waarnommen mei tumor-responsive CD8 + markers (Figueren 2F). Ta beslút de boppesteande analyse suggereart dat de ICR-hantekening de oanwêzigens fan tumor-ferryke omfette, klonlike ferheegde T-sellen en kin syn prognostyske ymplikaasjes útlizze.
Figuer 2. TCR-metriken en korrelaasje mei ymmún-relatearre genen, ymmún en molekulêre subtype.
Mikrobiome komposysje yn sûne en in kolon cancer-weefsels
De ûndersikers útfierden 16s Rrna-sequencing mei DNA-ekstrahearre út matched tumor en sûne kolon tissue fan 246 pasjinten (figuer 3a). Foar falidaasje analyseare de ûndersikers 16s rrna Gen-sequencing gegevens fan in ekstra 42 tumor-samples dy't net oerienkomme mei normale dna beskikber foar analyse. Earst fergelike de ûndersikers de relative oerfloed fan Flora tusken matched tumors en sûne kolon weefsel. Sletten perfralens waard signifikant ferhege yn 'e tumors fergelike mei de sûne samples (figuer 3A-3D). D'r wie gjin signifikant ferskil yn alfa-ferskaat (ferskaat en oerfloed fan soarte) tusken tumor en sûne samples, en in beskieden fermindering waard waarnommen yn icr-hege tumors relatyf oan icr-lege tumors.
Om klinysk relevante ferienings en klinyske útkomsten te detektearjen en klinyske útkomsten rjochte 16's Rrna Gen-sequus te brûken om mikrobyske funksjes te identifisearjen dy't oerlibjen foarsizze. By AC-ICAM246 rûn de ûndersikers in OS Cox Regression Model dat 41 funksjes selekteare mei net-nul koëffisjinten (assosjeare mei differinsjale mortaliteitrisiko), neamd Mbr Classifiers (Figuer 3F).
Yn dizze training Cohort (ICAM246), in lege MBR-skoare (MBR <0, Leech MBR) waard assosjeare mei in signifikant leger risiko fan 'e dea (85%). Undersikers befêstige de assosjaasje tusken lege mbr (risiko) en langere OS yn twa ûnôfhinklik falideare kohorten (ICAM42 en TCGA-COAD). (Figuer 3) De stúdzje toande in sterke korrelaasje tusken Endogastryske Cocci en MBR-scores, dy't gelyk wiene yn tumor en sûne kolon weefsel.
Figuer 3. Mikrobiome yn tumor en sûne weefsels en de relaasje mei icr en gedrachsoarder fan pasjint.
Konklúzje
De multi-omics-oanpak brûkt yn dizze stúdzje kinne de yngeande deteksje en analyse meitsje fan 'e molekulêre hântekening fan' e ymmúnrapporten yn kleistale kanker en iepenbiere de ynteraksje tusken de mikrobiome en it ymmúnsysteem. Djippe tcr sequinsje fan tumor en sûne tissue iepenbiere dat it prognostyske effekt fan icr kin wêze fanwegen it fermogen om tumor-ferryke te fangen en mooglik tumor antigen-spesifike tjolers.
Troch analysearjen fan tumor mikrobyske gearstalling mei 16s rrna Gen-sequen yn AC-ICAM-samples, identifisearre it team in mikrobiome-hantekening (MBR-risiko-skoare) mei sterke prognostyske wearde. Hoewol dizze hântekening waard ôflaat fan Tumor-samples, wie d'r in sterke korrelaasje tusken sûne kleurektum en tumor MBR-risiko, suggerearje dat dizze hantekening de darm mikrobyske gearstalling fan pasjinten kin fange. Troch de ICR-scores te kombinearjen wie it mooglik om in multi-Omyske studint Biomarker te identifisearjen en te validearjen dy't oerlibbing foarspelt yn pasjinten mei kolonkanker. De multi-omtyske dataset fan 'e stúdzje jout in boarne oan om de biology fan in boarne better te begripen en help te ûntdekken dy't jo persoanlike terapeutyske oanpak ûntdekke.
Posttiid: jun-15-2023
Privacy-ynstellings