中文网站
Tankewol foar jo besite oan Nature.com. Jo brûke in browserferzje mei beheinde CSS-stipe. Foar de bêste ûnderfining riede wy oan dat jo in bywurke browser brûke (of Kompatibiliteitsmodus yn Internet Explorer útskeakelje). Derneist, om trochgeande stipe te garandearjen, litte wy de side sjen sûnder stilen en JavaScript.
Toant in karrousel fan trije dia's tagelyk. Brûk de knoppen Foarige en Folgjende om troch trije dia's tagelyk te gean, of brûk de skúfknoppen oan 'e ein om troch trije dia's tagelyk te gean.
Sûnt de útbraak fan 'e koroanavirussykte (COVID-19) yn 2019 binne in soad kommersjele nukleïnezuuramplifikaasjetests (NAAT's) wrâldwiid ûntwikkele en binne se standertassays wurden. Hoewol ferskate testen fluch ûntwikkele en tapast waarden op laboratoariumdiagnostyske testen, binne de prestaasjes fan dizze testen net yn ferskate omjouwings evaluearre. Dêrom wie it doel fan dizze stúdzje om de prestaasjes fan 'e Abbott SARS-CoV-2-, Daan Gene-, BGI- en Sansure Biotech-assays te evaluearjen mei de Composite Reference Standard (CRS). De stúdzje waard útfierd by it Ethiopian Public Health Institute (EPHI) fan 1 oant 30 desimber 2020. 164 nasofaryngeale samples waarden ekstrahearre mei de QIAamp RNA mini-kit en it Abbott DNA-sample tariedingssysteem. Fan 164 samples wiene 59,1% posityf en 40,9% negatyf foar CRS. De positiviteit fan Sansure Biotech wie signifikant leech yn ferliking mei CRS (p < 0,05). De positiviteit fan Sansure Biotech wie signifikant leech yn ferliking mei CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). De positive resultaten fan Sansure Biotech wiene signifikant leger yn ferliking mei CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）. У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech hie signifikant minder positive resultaten yn ferliking mei CRS (p < 0,05).De algemiene oerienkomst fan 'e fjouwer analyses wie 96,3–100% yn ferliking mei CRS. Neist it lege positiviteitssifer fan 'e Sansure Biotech-assay wiene de prestaasjes fan 'e fjouwer assays hast fergelykber. As sadanich fereasket de Sansure Biotech [Research Only (RUO)]-assay ekstra falidaasje foar syn gebrûk yn Etioopje. Uteinlik moat ekstra ûndersyk wurde beskôge om assays te evaluearjen mei passende fabrikantenbewearingen.
Laboratoariumtests binne ûnderdiel fan it Strategysk Plan fan 'e Wrâldsûnensorganisaasje (WHO) foar de tarieding en reaksje op 'e sykte fan it coronavirus 2019 (COVID-19). De WHO advisearret dat lannen laboratoariumkapasiteit moatte opbouwe om de tarieding, it goed behear fan gefallen, de waakzaamheid en de rappe reaksje op útdagings op it mêd fan folkssûnens te ferbetterjen. Dit suggerearret dat de rol fan it laboratoarium wichtich is foar it karakterisearjen fan 'e sykte en de epidemiology fan opkommende ynfeksjeuze aginten en it kontrolearjen fan har fersprieding.
De diagnoaze fan COVID-19 fereasket epidemiologyske en medyske ynformaasje, persoanlike symptomen/tekens, en radiografyske en laboratoariumgegevens2. Sûnt de COVID-19-útbraak rapportearre waard yn Wuhan, Sina, binne in protte kommersjele nukleïnezuuramplifikaasjetests (NAAT's) wrâldwiid ûntwikkele. Real-time reverse transkripsjepolymerasekettingreaksje (rRT-PCR) is brûkt as in routine- en standertmetoade foar laboratoariumdiagnoaze fan swiere akute respiratoire syndroom 2 (SARS-CoV-2)3-ynfeksje. Molekulêre deteksje fan SARS-CoV-2 is typysk basearre op 'e N (nukleokapsidproteïnegen), E (envelopeproteïnegen) en RdRp (RNA-ôfhinklik RNA-polymerasegen) genen yn ORF1a/b (iepen lêsframe 1a/b) gen) regio identifisearre út it firale genoom. Se wurde beskôge as de wichtichste konservearre regio's dy't fûn wurde yn firale genomen foar firusherkenning4. Under dizze genen hawwe de RdRp- en E-genen in hege analytyske deteksjegefoelichheid, wylst it N-gen in lege analytyske gefoelichheid hat5.
De prestaasjes fan PCR-assays kinne ferskille ôfhinklik fan ferskate faktoaren lykas: ekstraksjereagentia, amplifikaasje-/deteksjereagentia, ekstraksjemetoade, kwaliteit fan 'e PCR-masine en oare ynstruminten. Fan april 2020 ôf hawwe mear as 48 ferskillende diagnostyske apparaten út njoggen lannen in Emergency Use Authorization (EUA) krigen foar COVID-196-diagnostyk. Yn Etioopje wurde mear as 14 real-time PCR-platfoarms brûkt foar PCR-deteksje fan SARS-CoV-2 by 26 ynstellingen foar folkssûnens, ynklusyf ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 en Quant-studio7. Derneist binne ferskate PCR-testkits beskikber, lykas de Daan Gene-test, Abbott SARS-CoV-2-test, Sansure Biotech-test en SARS-CoV-2 BGI-test. Hoewol rRT-PCR heul gefoelich is, melde guon pasjinten mei COVID-19 falsk-negative resultaten fanwegen ûnfoldwaande kopyen fan firale ribonukleïnezuur (RNA) yn samples fanwegen ferkearde samling, transport, opslach en ôfhanneling, en laboratoariumtests. omstannichheden en aksjes fan personiel8. Derneist kinne ferkearde behanneling fan stekproeven of kontrôles, it ynstellen fan syklusdrompel (Ct), en krúsreaktiviteit mei oare patogene nukleïnesoeren of ynaktyf/residueel SARS-CoV-2 RNA liede ta falsk-positive resultaten yn rRT-PCR9-assays. Sa is it dúdlik dat PCR-tests yndie dragers fan genfragminen kinne identifisearje, om't se net iens ûnderskied kinne meitsje tusken echt aktive firale genen, sadat de tests allinich dragers kinne identifisearje en net pasjinten10. Dêrom is it wichtich om diagnostyske prestaasjes te beoardieljen mei standertmetoaden yn ús setting. Hoewol in protte NAAT-reagentia beskikber binne by it Ethiopian Public Health Institute (EPHI) en yn it heule lân, is der noch gjin ferlykjende evaluaasje fan har effektiviteit rapportearre. Dêrom wie dizze stúdzje bedoeld om de ferlykjende prestaasjes te evaluearjen fan kommersjeel beskikbere kits foar it opspoaren fan SARS-CoV-2 troch rRT-PCR mei klinyske eksimplaren.
Yn totaal waarden 164 dielnimmers mei fermoeden fan COVID-19 opnommen yn dizze stúdzje. De mearderheid fan 'e stekproeven kaam fan behannelsintra (118/164 = 72%), wylst de oerbleaune 46 (28%) dielnimmers fan net-behannelsintra kamen. Under de dielnimmers dy't net yn it sintrum behannele waarden, hienen 15 (9,1%) klinysk fermoeden gefallen en 31 (18,9%) hienen kontakt mei befêstige gefallen. Trijeënnjoggentich (56,7%) dielnimmers wiene manlju, en de gemiddelde leeftyd (± SD) fan 'e dielnimmers wie 31,10 (± 11,82) jier.
Yn dizze stúdzje waarden positive en negative tariven fan fjouwer testen foar COVID-19 bepaald. Sa wiene de positive tariven fan 'e Abbott SARS-CoV-2-assay, Daan Gene 2019-nCoV-assay, SARS-CoV-2 BGI-assay, en Sansure Biotech 2019-nCoV-assay respektivelik 59,1%, 58,5%, 57,9% en 55,5%. De positive en negative gearstalde referinsjestandert (CRS)-skoares wiene respektivelik 97 (59,1%) en 67 (40,9%), (Tabel 1). Yn dizze stúdzje wie de definysje fan CRS basearre op 'e "elk posityf"-regel, wêrby't fan 'e fjouwer testresultaten twa of mear testresultaten dy't itselde resultaat joegen as wier posityf of negatyf beskôge waarden.
Yn dizze stúdzje fûnen wy in negative persintaazje oerienkomst (NPA) fan 100% (95% CI 94.6–100) foar alle analyses yn ferliking mei CRS. De Sansure Biotechnology-analyse liet in minimale PPA fan 93.8% sjen (95% CI 87.2-97.1) en de Daan Gene 2019-nCoV-analyse hie in algemiene oerienkomst fan 99.4% (95% CI 96.6-99.9). Yn tsjinstelling wie de algemiene oerienkomst tusken de SARS-CoV-2 BGI-assay en de Sansure Biotech 2019-nCoV-assay respektivelik 98.8% en 96.3% (Tabel 2).
De oerienkomstskoëffisjint fan Cohen tusken CRS en de resultaten fan 'e Abbott SARS-CoV-2-assay wie folslein konsekwint (K = 1.00). Op deselde wize binne de wearden fan Cohen, detektearre troch Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, en Sansure Biotech 2019-nCoV, ek folslein konsekwint mei CRS (K ≥ 0.925). Yn dizze ferlykjende analyze liet de chi-kwadraattest (McNemar-test) sjen dat de resultaten fan 'e Sansure Biotech 2019-nCoV-assay signifikant oars wiene as de CRS-resultaten (p = 0.031) (Tabel 2).
Lykas te sjen is yn ôfb.1 it persintaazje fan 'e leechste Ct-wearde (< 20 Ct) fan 'e Abbott SARS-CoV-2-assay (kombinearre RdRp- en N-gen) wie 87,6% en de ORF1a/b-gen-Ct-wearde fan 'e Sansure Biotech 2019-nCoV-assay liet sjen dat it persintaazje fan 'e lege Ct-wearde (< 20 Ct) 50,3% wie en de hege Ct-wearde (36–40 Ct) 3,2%. 1 it persintaazje fan 'e leechste Ct-wearde (< 20 Ct) fan 'e Abbott SARS-CoV-2-assay (kombinearre RdRp- en N-gen) wie 87,6% en de ORF1a/b-gen-Ct-wearde fan 'e Sansure Biotech 2019-nCoV-assay liet sjen dat it persintaazje fan 'e lege Ct-wearde (< 20 Ct) 50,3% wie en de hege Ct-wearde (36–40 Ct) 3,2%.Lykas te sjen is yn ôfb.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp en N) составил 87,6 Ct анализа 87,6%,/ Sansure Biotech 2019-nCoV-oanbieding hat in priis fan Ct (< 20 Ct) berikt 50,3%, a высокое значения (<20 Ct) составляло 3,2%. 1, it persintaazje fan 'e leechste Ct-wearde (< 20 Ct) analyze fan Abbott SARS-CoV-2 (kombineare gen RdRp en N) wie 87,6%, en de Ct-wearde fan ORF1a/b-genanalyze fan Sansure Biotech 2019-nCoV liet sjen dat it persintaazje fan lege Ct-wearde (< 20 Ct) 50,3% útmakke, en hege wearde Ct (36–40 Ct) 3,2% útmakke.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比三（Biotech（< 20% Ct. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36)的百分比为3.2%. Lykas te sjen is yn figuer 1, is it leechste Ct-weardepersintaazje (< 20 Ct) fan 'e Abbott SARS-CoV-2-test (kombinaasje fan RdRp en N-gen) 87,6%, de ORF1a/b-gen Ct-wearde fan 'e Sansure Biotech 2019-nCoV-test lit sjen dat in leech Ct-persintaazje (< 20 Ct) 50,3% is, en it 高Ct-persintaazje (36–40 Ct) 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное зентное за 2 C
Yn dizze stúdzje hawwe wy 164 nasofaryngeale samples nommen. Foar alle soarten assays waard RNA-isolaasje en amplifikaasje útfierd mei de metoaden en kits dy't oanrikkemandearre binne troch de respektive fabrikanten.
Dizze stúdzje liet sjen dat de Abbott-test foar SARS-CoV-2 deselde deteksjeprestaasjes hat as CRS, mei 100% positive, negative en algemiene oerienkomst. De kappa-oerienkomst fan Cohen is 1.00, wat in folsleine oerienkomst mei CRS oanjout. In ferlykbere stúdzje fan 'e Universiteit fan Washington yn 'e FS fûn dat de algemiene gefoelichheid en spesifisiteit fan 'e Abbott-test foar SARS-CoV-2 respektivelik 93% en 100% wie, yn ferliking mei de laboratoarium-bepaalde assay (LDA) fan 'e CDC. 11. It Abbott SARS-CoV-2-deteksjesysteem is basearre op 'e simultane kombineare deteksje fan 'e N- en RdRp-genen, om't beide genen gefoeliger binne, wêrtroch falske negativen minimalisearre wurde12. In stúdzje yn Wenen, Eastenryk, liet ek sjen dat grutte ekstraksjemonstervolumes en deteksje-eluentvolumes ferdunningseffekten minimalisearren en de deteksje-effisjinsje ferhegen13. Sa kin Abbott's perfekte oerienkomst foar de SARS-CoV-2-assay wurde assosjeare mei in platfoarmdeteksjesysteem dat tagelyk kombinatoryske genen detektearret, in grut oantal samples ekstraheart (0,5 ml) en in grutte hoemannichte eluent brûkt (40 µl).
Us resultaten lieten ek sjen dat de deteksjeprestaasjes fan 'e Daan-genetyske test hast itselde wiene as dy fan CRS. Dit komt oerien mei in stúdzje14 útfierd oan 'e Universiteit fan Anhui yn Huainan, Sina, en de bewearing fan 'e fabrikant fan 100% positive oerienkomst. Nettsjinsteande rapporten fan konsekwinte resultaten wie ien stekproef falsk negatyf nei it opnij testen fan itselde eluaat, mar wie posityf yn 'e Abbott SARS-CoV-2- en Sansure Biotech nCoV-2019-assays. Dit suggerearret dat der fariaasje yn resultaten kin wêze oer ferskate soarten assays. Nettsjinsteande, yn 'e stúdzje útfierd yn Sina15, wie it resultaat fan 'e Daan Gene-assay signifikant oars (p < 0.05) yn ferliking mei har yn it laboratoarium definieare referinsje-assay. Nettsjinsteande, yn 'e stúdzje útfierd yn Sina15, wie it resultaat fan 'e Daan Gene-assay signifikant oars (p < 0.05) yn ferliking mei har yn it laboratoarium definieare referinsje-assay. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) эталонного анализа. Yn in stúdzje yn Sina15 wie it analysearresultaat fan Daan Gene lykwols signifikant oars (p < 0,05) as harren referinsje-analyze yn it laboratoarium.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0.05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались 5 в п < 0,юсра его эталонным лабораторным тестом. Yn in stúdzje yn Sina15 wiene de resultaten fan Daan's genetyske test lykwols signifikant oars (p < 0,05) yn ferliking mei syn referinsjelaboratoariumtest.Dizze diskrepânsje kin te tankjen wêze oan de gefoelichheid fan 'e referinsjetest om SARS-CoV-2 te detektearjen, en fierdere ûndersiken kinne wichtich wêze om de oarsaak te bepalen.
Derneist evaluearre ús stúdzje de ferlykjende prestaasjes fan 'e SARS-CoV-2 BGI-assay mei CRS, en liet in poerbêste positive persintaazje oerienkomst sjen (PPA = 97,9%), negative persintaazje oerienkomst (NPA = 100%), en algemiene persintaazje oerienkomst per geslacht (OPA). = 98,8%). Cohen's Kappa-wearden lieten goede oerienkomst sjen (K = 0,975). Stúdzjes yn Nederlân16 en Sina15 hawwe konsekwinte resultaten sjen litten. De SARS-CoV-2 BGI-test is in deteksjetest foar ien gen (ORF1a/b) mei 10 µl amplifikaasje-/deteksje-eluaat. Nettsjinsteande goede statistyske oerienkomst mei ús referinsjeresultaten, miste de analyze twa positive samples (1,22%) fan it totale sample. Dit kin enoarme klinyske ymplikaasjes hawwe foar de oerdrachtdynamyk sawol op pasjint- as mienskipsnivo.
In oare ferlykjende analyze dy't yn dizze stúdzje opnommen wie, wie de Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) assay; it totale oerienkomstpersintaazje wie 96,3%. De sterkte fan oerienkomst waard ek bepaald troch de Cohen's Kappa-wearde, dy't 0,925 wie, wat in folsleine oerienkomst mei de CRS oanjout. Opnij binne ús resultaten identyk oan stúdzjes útfierd oan 'e Central South University yn Changsha, Sina, en oan 'e ôfdieling Clinical Laboratory fan it Liuzhou People's Hospital, Liuzhou City, Sina17. Sels hoewol de boppesteande goede statistyske oerienkomst waard waarnommen, liet de chi-kwadraattest (MacNemar-test) sjen dat it resultaat fan 'e Sansure Biotech-assay in statistysk signifikant ferskil hie yn ferliking mei CRS (p < 0,005). Sels hoewol de boppesteande goede statistyske oerienkomst waard waarnommen, liet de chi-kwadraattest (MacNemar-test) sjen dat it resultaat fan 'e Sansure Biotech-assay in statistysk signifikant ferskil hie yn ferliking mei CRS (p < 0,005). (Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, криратериквхий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p 0 < ). Hoewol't de goede statistyske oerienkomst hjirboppe waard waarnommen, liet de chi-kwadraattest (McNemar-test) sjen dat it resultaat fan 'e Sansure Biotech-assay in statistysk signifikant ferskil hie yn ferliking mei de CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）桨明，Sansure CR Biotech相比具有统计学显着差异（p < 0.005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 桨明 , san biotech ，与 crs 相比 具有 显着 ((p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。〉。〼。。。。。。… Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макрамакне) статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech en CRS. Nettsjinsteande de goede statistyske oerienkomst dy't hjirboppe neamd is, liet de chi-kwadraattest (McNemar-test) in statistysk signifikant ferskil (p < 0,005) sjen tusken de Sansure Biotech-assay en de CRS.Seis samples (3,66%) wiene falsk-negatyf yn ferliking mei CRS (Oanfoljende Tabel 1); dit is tige wichtich, foaral sjoen de dynamyk fan oerdracht fan it firus. De boppesteande gegevens stypje ek dit lege deteksjetaryf15.
Yn dizze stúdzje waarden Ct-wearden bepaald foar elke assay en respektivelik platfoarm, mei de leechste gemiddelde Ct-wearde rapportearre yn 'e Abbott SARS-CoV-2-assay. Dit resultaat kin relatearre wêze oan it simultane kombineare genetyske testsysteem fan Abbott foar de deteksje fan SARS-CoV-2. Dêrom, neffens figuer 1, hiene 87,6% fan 'e Abbott SARS-CoV-2-resultaten Ct-wearden ûnder 20. Allinnich in lyts oantal stekproefresultaten (12,4%) wiene yn it berik fan 20-30. Ct-wearden boppe 30 waarden net registrearre. Neist it gebrûk fan it SARS-CoV-2-paniel genetyske testformaat troch Abbott, kin dit resultaat relatearre wêze oan 'e legere deteksjelimyt (32,5 RNA-kopyen/mL)18, dy't trije kear leger is as de legere limyt fan it bedriuw fan 100 RNA-kopyen/mL)19.
Dizze stúdzje hat wat beheiningen: earst hawwe wy gjin standert-/referinsjemetoaden [lykas firale lading of oare laboratoariumtests (LDA)] fanwegen gebrek oan middels. Twad, alle specimens dy't yn dizze stúdzje brûkt binne, wiene nasofaryngeale swabs, wylst de resultaten net fan tapassing wiene op oare specimentypen, en tredde, ús stekproefgrutte wie lyts.
Dizze stúdzje fergelike de prestaasjes fan fjouwer rRT-PCR-assays foar SARS-CoV-2 mei nasofaryngeale samples. Alle deteksjeassays hienen hast fergelykbere prestaasjes, mei útsûndering fan 'e Sansure Biotech-assay. Derneist waard it lege positiviteitssifer identifisearre yn 'e Sansure Biotech-assay yn ferliking mei de CRS (p < 0,05). Derneist waard it lege positiviteitssifer identifisearre yn 'e Sansure Biotech-assay yn ferliking mei de CRS (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Derneist liet de Sansure Biotech-test in leech persintaazje positive resultaten sjen yn ferliking mei CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Derneist hie de Sansure Biotech-assay in legere positiviteitssifer yn ferliking mei CRS (p < 0,05).De Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) analyze fan PPA, NPA en algemiene oerienkomst wie mear as 93,5% mei in Cohen Kappa sterkte fan oerienkomstwearde fan 0,925. Uteinlik hat de Sansure Biotech Assay (RUO) fierdere falidaasje nedich foar gebrûk yn Etioopje, en moat ekstra ûndersyk beskôge wurde om oanspraken fan yndividuele fabrikanten te evaluearjen.
In ferlykjend stúdzjeûntwerp waard útfierd by fjouwer sûnensfoarsjennings yn Addis Abeba, it Eka Kotebe Sikehûs, it Millennium Tsjerke Behannelingssintrum, it Zewooditu Memorial Sikehûs en it St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital. De gegevens waarden sammele tusken 1 en 31 desimber 2020. De medyske foarsjennings foar dizze stúdzje waarden mei opsetsin keazen op basis fan har hege oantal gefallen en de beskikberens fan wichtige behannelingssintra yn 'e stêd. Op deselde wize waarden ynstruminten, ynklusyf de ABI 7500 en Abbott m2000 real-time PCR-ynstruminten, selektearre neffens de oanbefellings fan 'e fabrikanten fan NAAT-reagens, en fjouwer PCR-deteksjekits waarden selektearre foar dizze stúdzje, om't de measte laboratoaria yn Etioopje teminsten fjouwer dêrfan brûkten. Gentest, Abbott SARS-CoV-2-test, Sansure Biotech-test en SARS-CoV-2 BGI-test útfierd tidens de stúdzje.
Testen foar SARS-CoV-2 waarden útfierd fan 1 oant 30 desimber 2020 mei 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Sina) fan persoanen dy't ûndersocht waarden foar COVID-19 en ferwiisd waarden nei EPHI. Nasofaryngeale samples waarden sammele troch opliede samplesamlers en yn trijefâldige pakken nei EPHI stjoerd. Foarôfgeand oan nukleïnezuurisolaasje krijt elk sample in unyk identifikaasjenûmer. Ekstraksje wurdt direkt by oankomst útfierd út elk sample mei help fan hânmjittige en automatyske ekstraksjemetoaden. Sa waard foar de automatyske ekstraksje fan Abbott m2000 1,3 ml (ynklusyf 0,8 ml dead folume en 0,5 ml ekstraksje-ynlaatfolume) fan it sample út elk sample ekstrahearre en troch it Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, Feriene Steaten) trochjûn. In batch fan 96 [92 samples, twa deteksjekontrôles en twa net-sjabloankontrôles (NTC)] waard opnommen yn it totale proses (opheljen en deteksje) fan twa rûndes fan SARS-CoV-2 (EUA) yn realtime. mining. Brûk op deselde wize foar manuele ekstraksje deselde samples (foar automatyske ekstraksje en ûntdekking). Sa waarden yn it heule proses 140 µl samples aliquotearre en ekstrahearre mei de QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Dútslân) yn batches fan 24 (ynklusyf 20 samples, twa assaykontrôles en twa NTC's) oer njoggen rûndes. Manuele ekstrahearre eluaten waarden amplifisearre en detektearre mei in ABI 7500 termyske cycler mei SARS-CoV-2 BGI-assay, Daan Gene-assay en Sansure Biotech-assay.
Automatisearre isolaasje en suvering fan SARS-CoV-2 firale RNA folget it magnetyske kraalprinsipe mei help fan Abbott DNA-sample tariedingsreagentia. Inaktivaasje fan samples en solubilisaasje fan firale dieltsjes wurdt útfierd mei in detergent dat guanidine-isothiocyanaat befettet om it proteïne te denaturearjen en RNase te inaktivearjen. It RNA wurdt dan skieden fan it proteïne troch fêste fazeskieding mei silika, d.w.s. it guanidiniumsâlt en de alkaline pH fan 'e lysisbuffer befoarderje de binding fan 'e nukleïnesoeren oan it silika (SiO2). De spoelstap ferwideret oerbleaune proteïnen en pún om in dúdlike oplossing te produsearjen. Transparant RNA wurdt isolearre fan silika-basearre mikropartikels mei help fan it magnetyske fjild fan it ynstrumint20,21. Oan 'e oare kant wurdt manuele isolaasje en suvering fan RNA útfierd mei de spinkolommetoade mei sintrifugaasje ynstee fan in magnetyske stand en skieding fan mikropartikels fan it eluent.
De Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Detection Test (Abbott Molecular, Inc.) waard útfierd neffens de ynstruksjes fan 'e fabrikant, dy't EUA19,22 krigen hat fan 'e WHO en FDA. Yn dit protokol waard de ynaktivaasje fan it stekproef foar de ekstraksje útfierd yn in wetterbad by 56 °C foar 30 minuten. Nei firusinaktivaasje waard nukleïnezuurekstraksje útfierd op in Abbott m2000 SP-ynstrumint fan 0,5 ml VTM mei in Abbott m2000 DNA-sample tariedingssysteem. neffens de fabrikant. Amplifikaasje en deteksje waarden útfierd mei in Abbott m2000 RT-PCR-ynstrumint, en dûbele deteksje waard útfierd foar de RdRp- en N-genen. ROX) en VIC P (proprietêre kleurstof) foar it rjochtsjen en deteksje fan ynterne kontrôles, wêrtroch't beide amplifikaasjeprodukten tagelyk deteksje mooglik wiene 19.
De amplifikaasjedeteksjemetoade fan dizze kit is basearre op ien-stap RT-PCR-technology. De ORF1a/b- en N-genen waarden selektearre as konservearre regio's troch Daan Gene Technology om amplifikaasje fan 'e doelregio te detektearjen. Spesifike primers en fluorescerende probes (N-genprobes markearre mei FAM, ORF1a/b-probes markearre mei VIC) binne ûntworpen om SARS-CoV-2 RNA yn samples te detektearjen. De definitive eluent en mastermixen waarden taret troch 5 µl eluent ta te foegjen oan 20 µl fan 'e mastermix oant in einfolume fan 25 µl. Amplifikaasje en deteksje waarden tagelyk útfierd op in ABI 750024 real-time PCR-ynstrumint.
De ORF1a/b- en N-genen waarden ûntdutsen mei de Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (fluoreszinte PCR-deteksje). Tariede spesifike probes foar elk doelgen troch it FAM-kanaal te selektearjen foar de ORF1a/b-regio en it ROX-kanaal foar it N-gen. Oan dizze assaykit wurde eluent en mastermixreagentia tafoege as folget: tariede 30 µl mastermixreagens en 20 µl eluearre sample foar deteksje/amplifikaasje. Real-time PCR ABI 750025 waard brûkt foar amplifikaasje/deteksje.
De SARS-CoV-2 BGI-test is in fluoreszinte real-time rRT-PCR-kit foar de diagnoaze fan COVID-19. De doelregio leit yn 'e ORF1a/b-regio fan it SARS-CoV-2-genoom, wat in metoade is foar it detektearjen fan ien gen. Derneist is it minsklik húshâldingsgen β-actine in yntern regele doelgen. De mastermix wurdt taret troch 20 µl fan it mastermixreagens en 10 µl fan it ekstrahearre RNA-monster te mingen yn in putplaat26. In ABI 7500 fluoreszint kwantitative real-time PCR-ynstrumint waard brûkt foar amplifikaasje en deteksje. Alle nukleïnezuuramplifikaasje, PCR-rinbetingsten foar elke assay, en ynterpretaasje fan resultaten waarden útfierd neffens de ynstruksjes fan 'e respektive fabrikant (Tabel 3).
Yn dizze ferlykjende analyze hawwe wy de referinsjestandertmetoade net brûkt om persintaazje oerienkomst (posityf, negatyf en algemien) en oare ferlykjende parameters foar de fjouwer analyzes te bepalen. Elke testferliking waard dien mei CRS, yn dizze stúdzje waard de CRS ynsteld troch de regel "elk posityf" en it resultaat waard bepaald, net troch ien test, wy brûkten teminsten twa oerienkommende testresultaten. Derneist binne yn it gefal fan COVID-19-oerdracht falsk-negative resultaten gefaarliker as falsk-positive resultaten. Dêrom, om sa akkuraat mooglik "posityf" te sizzen fan in CRS-resultaat, moatte teminsten twa assaytests posityf wêze, wat betsjuttet dat teminsten ien posityf resultaat wierskynlik komt fan in EUA-assay. Sa wurde fan 'e fjouwer testresultaten twa of mear testresultaten dy't itselde resultaat jouwe beskôge as wier posityf of negatyf18,27.
Gegevens waarden sammele mei help fan strukturearre gegevensekstraksjeformulieren, gegevensinvoer en -analyse waarden útfierd mei help fan statistyske software Excel en SPSS ferzje 23.0 foar beskriuwende statistiken. Positive, negative en algemiene persintaazje oerienkomst waarden analysearre, en in Kappa-skoare waard brûkt om de mjitte fan oerienkomst fan elke metoade mei CRS te bepalen. Kappa-wearden wurde as folget ynterpretearre: 0.01 oant 0.20 foar lichte oerienkomst, 0.21 oant 0.40 foar algemiene oerienkomst, 0.41-0.60 foar matige oerienkomst, 0.61-0.80 foar grutte oerienkomst en 0.81-0.99 foar folsleine oerienkomst28.
Etyske goedkarring waard krigen fan 'e Universiteit fan Addis Abeba en alle eksperimintele protokollen foar dizze stúdzje waarden goedkard troch de Wittenskiplike Etyske Beoardielingsried fan it Etiopysk Ynstitút foar Folkssûnens. It referinsjenûmer foar de EPHI-etyklisinsje is EPHI/IRB-279-2020. Alle metoaden waarden tapast yn oerienstimming mei de oanbefellings en bepalingen fan 'e Etiopyske Nasjonale Omfiemjende Rjochtlinen foar de Behanneling fan COVID-19. Derneist waard skriftlike ynformearre tastimming krigen fan alle stúdzjedielnimmers foarôfgeand oan dielname oan 'e stúdzje.
Alle gegevens dy't yn dizze stúdzje krigen of analysearre binne, binne opnommen yn dit publisearre artikel. Gegevens dy't de resultaten fan dizze stúdzje stypje, binne op ridlik fersyk beskikber fan 'e respektive auteur.
Wrâldsûnensorganisaasje. Oanbefellings foar laboratoariumteststrategyen foar COVID-19: Tydlike begelieding, 21 maart 2020 nr. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 tûke diagnoaze op 'e Spoedeisende Hulp: Alles yn 'e praktyk. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 tûke diagnoaze op 'e Spoedeisende Hulp: Alles yn 'e praktyk.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. en Gurgulianis, KI Intelligente diagnoaze fan COVID-19 op 'e needôfdieling: alles yn 'e praktyk.Muliou DS, Pantazopoulos I. en Gurgulyanis KI Intelligente diagnoaze fan COVID-19 op needôfdielingen: end-to-end yntegraasje yn 'e praktyk. Expert Reverend Respire. medicine. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluaasje fan 'e COVID19 ID NOW EUA-assay. Mitchell, SL & St George, K. Evaluaasje fan 'e COVID19 ID NOW EUA-assay.Mitchell, SL en St. George, K. Evaluaasje fan 'e COVID19 ID NOW EUA-assay.Mitchell SL en St. George K. Evaluaasje fan 'e COVID19 ID NOW EUA-assay. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Laboratoariumdeteksje fan koroanavirussykte 2019 (COVID-19) by fertochte minsklike sykte. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (besjoen 15 augustus 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. COVID-19-diagnoaze: Sykten en testynstruminten. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Oprjochting fan it Kolleezje fan Patologen fan East-, Sintraal- en Súdlik Afrika - Regionale Skoalle foar Patology fan it Midden-Easten en Súd-Afrika. Afrika. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Etiopysk Ynstitút foar Folkssûnens, Federaal Ministearje fan Folkssûnens. Tydlike Nasjonale Strategy en Begelieding foar Laboratoariumdiagnoaze fan COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (besjoen 12 augustus 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falsk-negative testen foar útdagings en ymplikaasjes fan SARS-CoV-2-ynfeksje. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falsk-negative testen foar útdagings en ymplikaasjes fan SARS-CoV-2-ynfeksje.Voloshin S., Patel N. en Kesselheim AS Falsk-negative testen foar SARS-CoV-2-ynfeksjes en har gefolgen.Voloshin S., Patel N. en Kesselheim AS Falsk-negative testen foar provokaasje en de ynfloed fan SARS-CoV-2-ynfeksje. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falsk-positive en falsk-negative COVID-19 gefallen: Strategyen foar previnsje en behear fan sykheljen, faksinaasje en fierdere perspektiven. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falsk-positive en falsk-negative COVID-19 gefallen: Strategyen foar previnsje en behear fan sykheljen, faksinaasje en fierdere perspektiven. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI . вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falsk-positive en falsk-negative gefallen fan COVID-19: strategyen foar previnsje en behanneling fan respiratoire sykten, faksinaasje en de wei foarút.Muliu, DS en Gurgulianis, KI Falsk-positive en falsk-negative gefallen fan COVID-19: strategyen foar previnsje en behanneling fan sykheljen, faksinaasje en de wei foarút. Expert Reverend Respire. medicine. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-diagnoaze op 'e needôfdieling: De beam sjen, mar it bosk ferlieze. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-diagnoaze op 'e needôfdieling: De beam sjen, mar it bosk ferlieze.Mouliou, DS, Ioannis, P. en Konstantinos, G. COVID-19-diagnoaze op 'e needôfdieling: Sjoch de beam, ferlies it bosk.Muliou DS, Ioannis P., en Konstantinos G. COVID-19-diagnoaze yn needkeamers: Net genôch bosk foar de beammen. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Falidaasje en falidaasje fan 'e analytyske en klinyske prestaasjes fan 'e Abbott RealTime SARS-CoV-2 Assay. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Ferliking fan fiif primersets út ferskate genoomregio's fan COVID-19 foar it opspoaren fan firusynfeksje troch konvinsjonele RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Ferliking fan fiif primersets út ferskate genoomregio's fan COVID-19 foar it opspoaren fan firusynfeksje troch konvinsjonele RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. en Aflatunyan, B. Ferliking fan fiif sets primers út ferskate regio's fan it COVID-19-genoom foar it opspoaren fan firale ynfeksje troch konvinsjonele RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Ferliking fan 5 ferskillende genetyske regio's fan COVID-19 foar it opspoaren fan firale ynfeksje troch konvinsjonele RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. en Aflatunyan B. Ferliking fan fiif sets primers út ferskate regio's fan it COVID-19-genoom foar it opspoaren fan firale ynfeksje troch konvinsjonele RT-PCR.Iran. J. Mikrobiology. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Foarriedige resultaten fan it nasjonale eksterne kwaliteitsbeoardielingsprogramma foar it opspoaren fan SARS-CoV-2 genoomsekwinsjes. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analytyske evaluaasje fan 'e effektiviteit fan fiif RT-PCR-kits foar swier akute respiratoire syndroom coronavirus 2. J. Clinical. laboratoarium. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Evaluaasje fan sân kommersjeel beskikbere SARS-CoV-2 RNA-deteksjekits yn Sina basearre op real-time polymerasekettingreaksje (PCR). klinysk. Gemysk. laboratoarium. medisinen. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Ferliking fan sân kommersjele RT-PCR COVID-19 diagnostykkits. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Ferliking fan diagnostyske prestaasjes fan twa PCR-kits foar it opspoaren fan SARS-CoV-2 nukleïnesoeren. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, ensfh. In ferlykjende stúdzje fan fjouwer SARS-CoV-2 nukleïnezuuramplifikaasjetestplatfoarms (NAAT) liet sjen dat de prestaasjes fan ID NOW signifikant fermindere waarden ôfhinklik fan pasjint en stekproeftype. diagnoaze. mikrobiology. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbott-molekule. Pakketynfoeging foar real-time SARS-CoV-2-analyze fan Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Fanôf 10 augustus 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-CoV-2 RNA-isolaasje mei magnetyske kralen foar rappe deteksje op grutte skaal troch RT-qPCR en RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).
Pleatsingstiid: 8 desimber 2022
Privacyynstellingen