Prestaasje fan fjouwer nukleïnsûr-amplifikaasjeassays om SARS-CoV-2 te identifisearjen yn Etioopje

Tankewol foar it besykjen fan Nature.com. Jo brûke in browserferzje mei beheinde CSS-stipe. Foar de bêste ûnderfining riede wy oan dat jo in bywurke browser brûke (of kompatibiliteitsmodus útskeakelje yn Internet Explorer). Derneist, om trochgeande stipe te garandearjen, litte wy de side sjen sûnder stilen en JavaScript.
Toant in karrousel fan trije dia's tagelyk. Brûk de knoppen Foarige en Folgjende om troch trije dia's tagelyk te bewegen, of brûk de sliderknoppen oan 'e ein om troch trije dia's tagelyk te bewegen.
Sûnt de útbraak fan coronavirus-sykte (COVID-19) fan 2019, binne in protte kommersjele nukleïnezuur-amplifikaasjetests (NAAT's) rûn de wrâld ûntwikkele en binne standert assays wurden. Hoewol ferskate tests rap waarden ûntwikkele en tapast op laboratoariumdiagnostyske tests, binne de prestaasjes fan dizze tests net evaluearre yn in ferskaat oan ynstellingen. Dêrom wie dizze stúdzje as doel om de prestaasjes fan 'e Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, en Sansure Biotech-assays te evaluearjen mei de Composite Reference Standard (CRS). De stúdzje waard útfierd by it Ethiopian Public Health Institute (EPHI) fan 1 oant 30 desimber 2020. 164 nasopharyngeale samples waarden ekstrahearre mei de QIAamp RNA mini-kit en it Abbott DNA-monsterfoarriedingssysteem. Fan 164 eksimplaren wie 59,1% posityf en 40,9% negatyf foar CRS. Sansure Biotech positiviteit wie signifikant leech yn ferliking mei CRS (p <0.05). Sansure Biotech positiviteit wie signifikant leech yn ferliking mei CRS (p <0.05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). De positive resultaten fan Sansure Biotech wiene signifikant leger yn ferliking mei CRS (p <0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）. У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech hie signifikant minder positive resultaten yn ferliking mei CRS (p <0.05).De totale oerienkomst fan 'e fjouwer analyzes wie 96.3-100% yn ferliking mei CRS. Neist it lege positiviteitsnivo fan 'e Sansure Biotech-assay, wiene de prestaasjes fan' e fjouwer assays hast te fergelykjen. As sadanich fereasket de Sansure Biotech [Research Only (RUO)] assay ekstra falidaasje foar it gebrûk yn Etioopje. Uteinlik moat oanfoljend ûndersyk wurde beskôge om assays te evaluearjen mei passende oanspraken fan fabrikanten.
Laboratoariumtesten is diel fan 'e Wrâldsûnensorganisaasje (WHO) Strategysk Plan foar Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Tarieding en antwurd (SPRP). WHO advisearret dat lannen laboratoariumkapasiteit moatte bouwe om de tarieding, goed saakbehear, waakzaamheid en rappe reaksje op útdagings foar folkssûnens te ferbetterjen. Dit suggerearret dat de rol fan it laboratoarium de kaai is foar it karakterisearjen fan 'e sykte en epidemyology fan opkommende ynfekteare aginten en it kontrolearjen fan har fersprieding.
De diagnoaze fan COVID-19 fereasket epidemiologyske en medyske ynformaasje, persoanlike symptomen / tekens, en radiografyske en laboratoariumgegevens2. Sûnt de COVID-19-epidemy waard rapportearre yn Wuhan, Sina, binne in protte kommersjele nukleïnezuur-amplifikaasjetests (NAAT's) oer de heule wrâld ûntwikkele. Real-time reverse transcription polymerase chain reaction (rRT-PCR) is brûkt as in routine en standertmetoade foar laboratoariumdiagnoaze fan slimme akute respiratory syndrome 2 (SARS-CoV-2)3-ynfeksje. Molekulêre deteksje fan SARS-CoV-2 is typysk basearre op it N (nucleocapsid proteïne gen), E (envelope proteïne gen), en RdRp (RNA-ôfhinklik RNA polymerase gen) genen yn ORF1a / b (iepen lêsframe 1a / b) . gen) regio identifisearre út it virale genome. Se wurde beskôge as de wichtichste bewarre regio's fûn yn virale genomen foar firusherkenning4. Under dizze genen hawwe de RdRp- en E-genen hege analytyske deteksjesensitiviteit, wylst it N-gen in lege analytyske gefoelichheid hat5.
De prestaasjes fan PCR-assays kinne ferskille ôfhinklik fan ferskate faktoaren lykas: ekstraksje-reagenzjes, amplifikaasje- / deteksjereagenzjes, ekstraksjemetoade, kwaliteit fan 'e PCR-masine en oare ynstruminten. Mei yngong fan april 2020 hawwe mear dan 48 ferskillende diagnostyske apparaten út njoggen lannen Emergency Use Authorization (EUA) krigen foar COVID-196 diagnostyk. Yn Etioopje wurde mear dan 14 real-time PCR-platfoarms brûkt foar PCR-deteksje fan SARS-CoV-2 by 26 ynstellingen foar folkssûnens, ynklusyf ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 en Quant-studio7. Derneist binne ferskate PCR-testkits beskikber, lykas Daan Gene-test, Abbott SARS-CoV-2-test, Sansure Biotech-test, en SARS-CoV-2 BGI-test. Hoewol rRT-PCR heul gefoelich is, melde guon pasjinten mei COVID-19 falske negative resultaten fanwegen ûnfoldwaande kopyen fan virale ribonukleinsûr (RNA) yn samples fanwegen ferkearde kolleksje, ferfier, opslach en ôfhanneling, en laboratoariumtests. betingsten en aksjes fan personiel8. Derneist kinne mishanneling fan stekproef of kontrôle, ynstelling fan syklusdrompel (Ct), en krúsreaktiviteit mei oare patogene nukleïnesoeren as ynaktyf / residueel SARS-CoV-2 RNA liede ta falske positive resultaten yn rRT-PCR9-assays. Sa is it dúdlik dat PCR-tests yndie dragers fan genfragminten identifisearje kinne, om't se net iens kinne ûnderskiede tusken wier aktive virale genen, sadat de tests allinich dragers kinne identifisearje en net pasjinten10. Dêrom is it wichtich om diagnostyske prestaasjes te beoardieljen mei standertmetoaden yn ús ynstelling. Hoewol in protte NAAT-reagenzjes binne te krijen by it Ethiopian Public Health Institute (EPHI) en yn it heule lân, is noch gjin ferlykjende evaluaasje fan har effektiviteit rapporteare. Dêrom wie dizze stúdzje as doel om de ferlykjende prestaasjes fan kommersjeel beskikbere kits te evaluearjen foar de detectie fan SARS-CoV-2 troch rRT-PCR mei klinyske eksimplaren.
In totaal fan 164 dielnimmers mei fertochte COVID-19 waarden opnommen yn dizze stúdzje. De mearderheid fan samples wiene fan behannelingsintra (118/164 = 72%), wylst de oerbleaune 46 (28%) dielnimmers fan net-behannelingssintra wiene. Under dielnimmers net behannele yn it sintrum, 15 (9.1%) hie klinysk fertochte gefallen en 31 (18.9%) hie kontakten fan befêstige gefallen. Trijeennjoggentich (56.7%) dielnimmers wiene man, en de gemiddelde (± SD) leeftyd fan 'e dielnimmers wie 31.10 (± 11.82) jier.
Yn dizze stúdzje waarden positive en negative tariven fan fjouwer testen foar COVID-19 bepaald. Sa wiene de positive tariven fan 'e Abbott SARS-CoV-2-assay, Daan Gene 2019-nCoV-assay, SARS-CoV-2 BGI-assay, en Sansure Biotech 2019-nCoV-assay respektivelik 59,1%, 58,5%, 57,9% en 55,5%. . De positive en negative gearstalde referinsjestandert (CRS) skoares wiene respektivelik 97 (59.1%) en 67 (40.9%) (tabel 1). Yn dizze stúdzje waard de definysje fan CRS basearre op 'e regel "elke posityf", wêrby't fan fjouwer testresultaten, twa of mear testresultaten dy't itselde resultaat joegen, waarden as wier posityf as negatyf beskôge.
Yn dizze stúdzje fûnen wy in negative persintaazje oerienkomst (NPA) fan 100% (95% CI 94.6-100) foar alle analyzes yn ferliking mei CRS. De Sansure Biotechnology-analyse liet in minimale PPA fan 93,8% sjen (95% CI 87,2-97,1) en de Daan Gene 2019-nCoV-analyse hie in algemiene oerienkomst fan 99,4% (95% CI 96,6-99,9). Yn tsjinstelling wie de totale oerienkomst tusken de SARS-CoV-2 BGI-assay en de Sansure Biotech 2019-nCoV-assay respektivelik 98,8% en 96,3% (tabel 2).
Cohen's kappa-koëffisjint fan oerienkomst tusken CRS en Abbott SARS-CoV-2-assayresultaten wie folslein konsekwint (K = 1.00). Lykas binne de kappa-wearden fan Cohen ûntdutsen troch Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, en Sansure Biotech 2019-nCoV ek folslein konsistint mei CRS (K ≥ 0.925). Yn dizze ferlykjende analyse liet de chi-kwadraattest (McNemar-test) sjen dat de resultaten fan Sansure Biotech 2019-nCoV-assay signifikant ferskille fan 'e CRS-resultaten (p = 0,031) (tabel 2).
As werjûn yn Fig.1 wie it persintaazje leechste Ct-wearde (< 20 Ct) fan Abbott SARS-CoV-2-assay (kombinearre RdRp- en N-gen) 87,6% en ORF1a/b-gen-Ct-wearde fan Sansure Biotech 2019-nCoV-assay liet sjen dat it persintaazje lege Ct wearde (< 20 Ct) wie 50,3% en de hege Ct wearde (36-40) Ct) wie 3,2%. 1 wie it persintaazje leechste Ct-wearde (< 20 Ct) fan Abbott SARS-CoV-2-assay (kombinearre RdRp- en N-gen) 87,6% en ORF1a/b-gen-Ct-wearde fan Sansure Biotech 2019-nCoV-assay liet sjen dat it persintaazje lege Ct wearde (< 20 Ct) wie 50,3% en de hege Ct wearde (36-40) Ct) wie 3,2%.As werjûn yn Fig.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp en N) составил 87,6 Ct анализа 87,6%,/ Sansure Biotech 2019-nCoV-oanbieding hat in priis fan Ct (< 20 Ct) berikt 50,3%, a высокое значения (<20 Ct) составляло 3,2%. 1 wie it persintaazje fan 'e leechste Ct-wearde (< 20 Ct)-analyse fan Abbott SARS-CoV-2 (kombinearre gen RdRp en N) 87.6%, en de Ct-wearde fan ORF1a/b-genanalyse fan Sansure Biotech 2019-nCoV toande dat it persintaazje lege Ct-wearde (< 20 Ct) 50,3% útmakke, en Ct mei hege wearde (36-40 Ct) goed foar 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比三（Biotech（< 20% Ct. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36)的百分比为3.2%. Lykas werjûn yn figuer 1, is it leechste persintaazje Ct-wearde (< 20 Ct) fan Abbott SARS-CoV-2-test (kombinaasje fan RdRp- en N-gen) 87,6%, de ORF1a/b-gen-Ct-wearde fan Sansure Biotech 2019-nCoV-test toant lege Ct值(< 20 Ct) 的 persintaazje is 50.3%,高Ct 值(36–40 Ct) 的 persintaazje is 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное зентное за 2 C<tчентное 0 размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Lykas werjûn yn figuer 1, hie de Abbott SARS-CoV-2-assay (kombinearjen fan de RdRp- en N-genen) de leechste persintaazje Ct-wearde (<20 Ct) op 87.6%, wylst de Ct-wearde fan it ORF1a/b-gen yn 'e Sansure Biotech 2019-stúdzje - De analyze fan nCoV toande in lege Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. It persintaazje wearden (< 20 Ct) wie 50,3%, en it persintaazje hege Ct-wearden (36-40 Ct) wie 3,2%.De Abbott SARS-CoV-2 B-test registrearre Ct-wearden boppe 30. Oan 'e oare kant, op' e BGI SARS-CoV-2 assay ORF1a / b gen hie in hege Ct wearde (> 36 Ct) persintaazje wie 4% (Fig. 1). Oan 'e oare kant, op' e BGI SARS-CoV-2 assay ORF1a / b gen hie in hege Ct wearde (> 36 Ct) persintaazje wie 4% (Fig. 1). Сдругой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого соссавля (1%). Oan 'e oare kant hie yn' e analyze fan BGI SARS-CoV-2-gen ORF1a / b in hege Ct-wearde (> 36 Ct), wêrfan it persintaazje 4% wie (Fig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分毼为分毼为分比为 Oan 'e oare kant, yn BGI SARS-CoV-2-deteksje, is it persintaazje ORF1a / b-gen mei hege Ct-wearde (> 36 Ct) 4% (figuer 1). De wearden fan 'e BGI SARS-CoV-2 produsearre ORF1a/b mei высокими значениями Ct (> 36 Ct) mei 41% (r. Oan 'e oare kant, yn' e BGI SARS-CoV-2-analyse, wie it persintaazje ORF1a / b-genen mei hege Ct-wearden (> 36 Ct) 4% (fig. 1).
Yn dizze stúdzje namen wy 164 nasopharyngeale samples. Foar alle soarten assays waard RNA-isolaasje en amplifikaasje útfierd mei de metoaden en kits oanrikkemandearre troch de respektivelike fabrikanten.
Dizze stúdzje hat oantoand dat Abbott's test foar SARS-CoV-2 deselde detectieprestaasjes hat as CRS, mei 100% posityf, negatyf en algemiene konkordânsje. Cohen syn kappa oerienkomst is 1,00, wat oanjout folsleine oerienkomst mei CRS. In ferlykbere stúdzje fan 'e Universiteit fan Washington yn' e FS fûn dat de algemiene gefoelichheid en spesifisiteit fan 'e Abbott-test foar SARS-CoV-2 respektivelik 93% en 100% wie, fergelike mei de laboratoarium-bepaalde assay (LDA) fan 'e CDC . 11. It Abbott SARS-CoV-2-deteksjesysteem is basearre op 'e simultane kombineare deteksje fan 'e N- en RdRp-genen, om't beide genen gefoeliger binne, minimearje falske negativen12. In stúdzje yn Wenen, Eastenryk hat ek oantoand dat grutte ekstraksjemonuminten en deteksje-eluentvoluminten de verdunningseffekten minimalisearren en de effisjinsje fan deteksje13 tanommen. Sa kin Abbott's perfekte wedstriid foar de SARS-CoV-2-assay wurde assosjeare mei in platfoarmdeteksjesysteem dat tagelyk kombinatoriale genen detektearret, in grut oantal samples (0.5 ml) ekstrahearret en in grutte hoemannichte eluent (40 µl) brûkt.
Us resultaten lieten ek sjen dat de deteksjeprestaasjes fan 'e Daan genetyske test hast itselde wie as dy fan CRS. Dit is yn oerienstimming mei in stúdzje14 útfierd oan 'e Anhui University yn Huainan, Sina, en de claim fan 'e fabrikant fan 100% positive oerienkomst. Nettsjinsteande rapporten fan konsekwinte resultaten, wie ien stekproef falsk negatyf nei it opnij testen fan itselde eluaat, mar wie posityf yn 'e Abbott SARS-CoV-2 en Sansure Biotech nCoV-2019 assays. Dit suggerearret dat d'r fariabiliteit kin wêze yn resultaten oer ferskate soarten assays. Dochs, yn 'e stúdzje útfierd yn Sina15, wie it resultaat fan' e Daan Gene-assay signifikant oars (p <0.05) yn ferliking mei har lab-definieare referinsjeassay. Dochs, yn 'e stúdzje útfierd yn Sina15, wie it resultaat fan' e Daan Gene-assay signifikant oars (p <0.05) yn ferliking mei har lab-definieare referinsjeassay. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) эталонного анализа. Yn in stúdzje yn Sina15 wie it analyseresultaat fan Daan Gene lykwols signifikant oars (p <0.05) fan har laboratoariumreferinsjeanalyse.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0.05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались 5 в п < 0,юсра его эталонным лабораторным тестом. Yn in stúdzje yn Sina15 wiene de resultaten fan Daan's genetyske test lykwols signifikant oars (p <0,05) yn ferliking mei syn referinsjelaboratoariumtest.Dizze diskrepânsje kin wêze fanwege de gefoelichheid fan 'e referinsjetest om SARS-CoV-2 te detektearjen, en fierdere stúdzjes kinne wichtich wêze om de oarsaak te bepalen.
Derneist evaluearre ús stúdzje de fergelykjende prestaasjes fan 'e SARS-CoV-2 BGI-assay mei CRS, en toant poerbêste positive persintaazje oerienkomst (PPA = 97.9%), negative persintaazje oerienkomst (NPA = 100%), en algemiene persintaazje oerienkomst troch geslacht ( OPA). ). = 98.8%). Cohen's Kappa-wearden lieten goede oerienkomst sjen (K = 0.975). Stúdzjes yn Nederlân16 en Sina15 hawwe konsekwinte resultaten sjen litten. De SARS-CoV-2 BGI-test is in deteksjetest foar ien gen (ORF1a / b) mei 10 µl amplifikaasje / deteksjeeluaat. Nettsjinsteande goede statistyske oerienkomst mei ús referinsjeresultaten, miste de analyze twa positive samples (1.22%) fan 'e totale stekproef. Dit kin enoarme klinyske gefolgen hawwe foar oerdrachtdynamyk op sawol pasjint- as mienskipsnivo.
In oare ferlykjende analyse opnommen yn dizze stúdzje wie de Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) assay; de totale wedstriid persintaazje wie 96,3%. De sterkte fan oerienkomst waard ek bepaald troch de Cohen's Kappa-wearde, dy't 0,925 wie, wat oanjout op folsleine oerienkomst mei de CRS. Nochris binne ús resultaten identyk oan stúdzjes útfierd oan Central South University yn Changsha, Sina, en by de Clinical Laboratory Department fan Liuzhou People's Hospital, Liuzhou City, China17. Alhoewol't de boppesteande goede statistyske konkordânsje waard opnommen, liet de chi-kwadraattest (MacNemar-test) sjen dat it resultaat fan 'e Sansure Biotech-assay in statistysk signifikant ferskil hat yn ferliking mei CRS (p <0.005). Alhoewol't de boppesteande goede statistyske konkordânsje waard opnommen, liet de chi-kwadraattest (MacNemar-test) sjen dat it resultaat fan 'e Sansure Biotech-assay in statistysk signifikant ferskil hat yn ferliking mei CRS (p <0.005). (Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, криратериквхий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p 0 < ). Hoewol de goede statistyske oerienkomst hjirboppe waard opnommen, liet de chi-kwadraattest (McNemar-test) sjen dat it resultaat fan 'e Sansure Biotech-assay in statistysk signifikant ferskil hie yn ferliking mei de CRS (p <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）桨明，Sansure CR Biotech相比具有统计学显着差异（p < 0.005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 桨明 , san biotech ，与 crs 相比 具有 显着 ((p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。〉。〼。。。。。。… Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макрамакне) статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech en CRS. Nettsjinsteande de goede statistyske oerienkomst hjirboppe oanjûn, toande de chi-kwadraattest (McNemar-test) in statistysk signifikant ferskil (p <0.005) tusken de Sansure Biotech-assay en de CRS.Seis samples (3.66%) waarden fûn om falske negativen te wêzen yn ferliking mei CRS (oanfoljende tabel 1); dit is heul wichtich, foaral sjoen de dynamyk fan oerdracht fan it firus. De boppesteande gegevens stypje ek dit lege deteksjerate15.
Yn dizze stúdzje waarden Ct-wearden bepaald foar elke assay en respektivelik platfoarm, mei de leechste gemiddelde Ct-wearde rapporteare yn 'e Abbott SARS-CoV-2-assay. Dit resultaat kin relatearre wurde oan Abbott's simultane kombinearre genetyske testsysteem foar de detectie fan SARS-CoV-2. Dêrom, neffens figuer 1, 87.6% fan Abbott SARS-CoV-2 resultaten hie Ct wearden ûnder 20. Allinnich in lyts oantal sample resultaten (12.4%) wiene yn it 20-30 berik. Ct-wearden boppe 30 waarden net opnommen. Neist Abbott's gebrûk fan it SARS-CoV-2-paniel genetyske testformaat, kin dit resultaat relatearre wurde oan 'e legere deteksjelimyt (32,5 RNA-kopyen / ml)18, wat trije kear leger is dan de ûnderste limyt fan it bedriuw fan 100 RNA-kopyen /ml. ml) 19.
Dizze stúdzje hat wat beheiningen: as earste hawwe wy gjin standert / referinsjemetoaden [lykas virale lading of oare laboratoariumtests (LDA)] fanwegen gebrek oan boarnen. Twad, alle eksimplaren brûkt yn dizze stúdzje wiene nasopharyngeal swabs, wylst de resultaten wiene net fan tapassing op oare specimen types, en tredde, ús stekproef grutte wie lyts.
Dizze stúdzje fergelike de prestaasjes fan fjouwer rRT-PCR-assays foar SARS-CoV-2 mei nasopharyngeale samples. Alle deteksje-assays hienen hast fergelykbere prestaasjes, mei útsûndering fan de Sansure Biotech-assay. Derneist waard it lege positiviteitsnivo identifisearre yn 'e Sansure Biotech-assay yn ferliking mei de CRS (p <0.05). Derneist waard it lege positiviteitsnivo identifisearre yn 'e Sansure Biotech-assay yn ferliking mei de CRS (p <0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Derneist liet de Sansure Biotech-test in leech persintaazje positive resultaten sjen yn ferliking mei CRS (p <0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Derneist hie de Sansure Biotech-assay in legere positiviteitsnivo yn ferliking mei CRS (p <0.05).De Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO)-analyze fan PPA, NPA en algemiene oerienkomst is mear dan 93,5% mei in Cohen Kappa-sterkte fan oerienkomstwearde fan 0,925. Uteinlik hat de Sansure Biotech Assay (RUO) fierdere falidaasje nedich foar gebrûk yn Etioopje, en ekstra ûndersyk moat wurde beskôge om oanspraken fan yndividuele fabrikanten te evaluearjen.
Fergelykjende stúdzjeûntwerp waard útfierd op fjouwer sûnensfoarsjenningen yn Addis Abeba, Eka Kotebe Sikehûs, Millennium Church Treatment Centre, Zewooditu Memorial Hospital, en St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital. De gegevens waarden sammele tusken 1 desimber en 31 desimber 2020. De medyske foarsjenningen foar dizze stúdzje waarden doelbewust keazen op basis fan har hege oantal gefallen en de beskikberens fan grutte behannelingsintra yn 'e stêd. Lykas ynstruminten, ynklusyf de ABI 7500 en Abbott m2000 real-time PCR-ynstruminten, waarden selekteare neffens de oanbefellings fan 'e NAAT-reagensfabrikanten, en fjouwer PCR-deteksjekits waarden selektearre foar dizze stúdzje, om't de measte laboratoaria yn Etioopje op syn minst op syn minst brûkten fjouwer fan harren. Gentest, Abbott SARS-CoV-2-test, Sansure Biotech-test, en SARS-CoV-2 BGI-test útfierd tidens de stúdzje).
Testen foar SARS-CoV-2 waard útfierd fan 1 oant 30 desimber 2020 mei 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Sina) fan persoanen dy't ûndersocht binne foar COVID-19 ferwize nei EPHI. Nasopharyngeale samples waarden sammele troch trained sample collectors en stjoerd nei EPHI yn triple packs. Foarôfgeand oan isolaasje fan nukleïnesoeren wurdt elk monster in unyk identifikaasjenûmer tawiisd. Ekstraksje wurdt útfierd fan elke stekproef fuortendaliks by oankomst mei hantlieding en automatyske ekstraksjemetoaden. Sa, foar de automatyske ekstraksje fan Abbott m2000, 1,3 ml (ynklusyf 0,8 ml dead folume en 0,5 ml ekstraksje ynlaat folume) fan de stekproef waard ekstrahearre út elke stekproef en trochjûn troch de Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, Feriene Steaten). ) In batch fan 96 [92 samples, twa deteksjekontrôles en twa net-sjabloankontrôles (NTC)] waard opnommen yn it algemiene proses (opheljen en deteksje) fan twa rondes fan SARS-CoV-2 (EUA) yn echte tiid. mynbou. Lykas, foar manuele ekstraksje, brûke deselde samples (foar automatyske ekstraksje en ûntdekking). Sa waarden, yn it heule proses, 140 µl-samples aliquotearre en ekstrahearre mei de QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Dútslân) yn batches fan 24 (ynklusyf 20-samples, twa assaykontrôles en twa NTC's) oer njoggen rûnten. Hânmjittich ekstrahearre eluaten waarden fersterke en ûntdutsen mei in ABI 7500 termyske fytser mei SARS-CoV-2 BGI assay, Daan Gene assay, en Sansure Biotech assay.
Automatisearre isolaasje en suvering fan SARS-CoV-2 virale RNA folget it magnetyske kraalprinsipe mei Abbott DNA-monsterfoarriedingsreagenzjes. Ynaktivaasje fan samples en solubilisaasje fan virale dieltsjes wurdt útfierd mei in detergent dat guanidine isothiocyanate befettet om it proteïne te denaturearjen en RNase te ynaktivearjen. It RNA wurdt dan skieden fan it aaiwyt troch fêste faze skieding mei help fan silika, dat is it guanidinium sâlt en de alkaline pH fan de lysis buffer befoarderje bining fan de nucleic soeren oan it silika (SiO2). De spoelstap ferwideret oerbleaune aaiwiten en ôffal om in dúdlike oplossing te produsearjen. Transparant RNA wurdt isolearre út silika-basearre mikropartikels mei it magnetysk fjild fan it ynstrumint20,21. Oan 'e oare kant wurdt manuele isolaasje en suvering fan RNA útfierd troch de spinkolommetoade mei sintrifugaasje ynstee fan in magnetyske stand en skieding fan mikropartikels fan' e eluent.
De Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Detection Test (Abbott Molecular, Inc.) waard útfierd neffens de ynstruksjes fan de fabrikant, dy't EUA19,22 krige fan 'e WHO en FDA. Yn dit protokol waard sample-ynaktivaasje foar ekstraksje útfierd yn in wetterbad by 56 ° C foar 30 min. Nei firus-ynaktivaasje waard nukleïnsûrekstraksje útfierd op in Abbott m2000 SP-ynstrumint fan 0,5 ml VTM mei in Abbott m2000 DNA-monsterfoarriedingssysteem. neffens de fabrikant. Amplifikaasje en deteksje waarden útfierd mei in Abbott m2000 RT-PCR-ynstrumint, en dûbele deteksje waard útfierd foar de RdRp- en N-genen. ROX) en VIC P (proprietêre kleurstof) foar it rjochtsjen en opspoaren fan ynterne kontrôles, wêrtroch simultane deteksje fan beide amplifikaasjeprodukten 19 mooglik makket.
De metoade foar amplifikaasjedeteksje fan dizze kit is basearre op ien-stap RT-PCR-technology. De ORF1a/b- en N-genen waarden selektearre as bewarre regio's troch Daan Gene Technology om doelregio-amplifikaasje te detektearjen. Spesifike primers en fluorescent probes (N-genprobes markearre mei FAM, ORF1a/b-probes markearre mei VIC) binne ûntworpen om SARS-CoV-2 RNA yn samples te detektearjen. De lêste eluent- en mastermixen waarden taret troch 5 µl eluent ta te foegjen oan 20 µl fan 'e mastermix oant in lêste folume fan 25 µl. Amplifikaasje en deteksje waarden tagelyk útfierd op in ABI 750024 real-time PCR-ynstrumint.
De ORF1a/b- en N-genen waarden ûntdutsen mei de Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (fluorescent PCR-deteksje). Tariede spesifike probes foar elk doelgen troch it selektearjen fan it FAM-kanaal foar de ORF1a / b-regio en it ROX-kanaal foar it N-gen. Oan dizze assaykit wurde eluent- en mastermixreagenzjes as folget tafoege: tariede 30 µl mastermix-reagens en 20 µl eluearre monster foar deteksje / amplifikaasje. Real-time PCR ABI 750025 waard brûkt foar amplification / detection.
De SARS-CoV-2 BGI-test is in fluorescent real-time rRT-PCR-kit foar de diagnoaze fan COVID-19. De doelregio leit yn 'e ORF1a / b-regio fan it SARS-CoV-2-genoom, wat in metoade foar deteksje fan ien gen is. Derneist is it minsklike húshâldingsgen β-actin in yntern regele doelgen. De mastermix wurdt taret troch it mingen fan 20 µl fan it mastermix-reagens en 10 µl fan it ekstrahearre RNA-monster yn in putplaat26. In ABI 7500 fluorescent kwantitatyf real-time PCR-ynstrumint waard brûkt foar amplifikaasje en deteksje. Alle nucleic acid amplification, PCR run betingsten foar elke assay, en ynterpretaasje fan resultaten waarden útfierd neffens de respektivelike fabrikant syn ynstruksjes (tabel 3).
Yn dizze ferlykjende analyze hawwe wy de referinsjestandertmetoade net brûkt om persintaazje oerienkomst (posityf, negatyf en algemien) en oare fergelikingsparameters foar de fjouwer analyzes te bepalen. Elke testfergeliking waard dien mei CRS, yn dizze stúdzje waard de CRS ynsteld troch de regel "elke posityf" en it resultaat waard bepaald, net troch ien test, wy brûkten op syn minst twa oerienkommende testresultaten. Derneist, yn it gefal fan COVID-19-oerdracht, binne falske negative resultaten gefaarliker dan falske positive resultaten. Dêrom, om "posityf" sa sekuer mooglik te sizzen fan in CRS-resultaat, moatte op syn minst twa assaytests posityf wêze, wat betsjuttet dat op syn minst ien posityf resultaat wierskynlik komt fan in EUA-assay. Sa wurde fan fjouwer testresultaten twa of mear testresultaten dy't itselde resultaat jouwe as wier posityf of negatyf beskôge18,27.
Gegevens waarden sammele mei help fan strukturearre gegevens ekstraksje formulieren, gegevens ynfier en analyze waarden útfierd mei help fan Excel statistyske software en SPSS ferzje 23.0 foar beskriuwende statistyk. Posityf, negatyf en algemien persintaazje oerienkomst waarden analysearre, en in Kappa-skoare waard brûkt om de mjitte fan oerienkomst fan elke metoade mei CRS te bepalen. Kappa-wearden wurde as folget ynterpretearre: 0,01 oant 0,20 foar mylde oerienkomst, 0,21 oant 0,40 foar algemiene oerienkomst, 0,41-0,60 foar matige oerienkomst, 0,61-0,80 foar grutte oerienkomst en 0,81-0,99 foar folsleine oerienkomst28.
Etyske goedkarring waard krigen fan 'e Universiteit fan Addis Abeba en alle eksperimintele protokollen foar dizze stúdzje waarden goedkard troch it Ethiopian Public Health Institute's Scientific Ethics Review Board. It referinsjenûmer foar de EPHI Ethics License is EPHI/IRB-279-2020. Alle metoaden waarden tapast yn oerienstimming mei de oanbefellings en bepalingen fan 'e Etiopyske nasjonale wiidweidige rjochtlinen foar de behanneling fan COVID-19. Derneist waard skriftlike ynformeare tastimming krigen fan alle dielnimmers fan 'e stúdzje foarôfgeand oan dielname oan' e stúdzje.
Alle gegevens krigen of analysearre yn dizze stúdzje binne opnommen yn dit publisearre artikel. Gegevens dy't de resultaten fan dizze stúdzje stypje, binne beskikber fan 'e respektivelike auteur op ridlik fersyk.
Wrald sûnens organisaasje. Oanbefellings foar strategyen foar laboratoariumtesten foar COVID-19: Interim-begelieding, 21 maart 2020 nr. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Slimme diagnoaze fan COVID-19 yn 'e Emergency Department: All-in yn 'e praktyk. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Slimme diagnoaze fan COVID-19 yn 'e Emergency Department: All-in yn 'e praktyk.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. en Gurgulianis, KI Intelligente diagnoaze fan COVID-19 yn 'e needôfdieling: alles yn' e praktyk.Muliou DS, Pantazopoulos I. en Gurgulyanis KI Intelligente diagnoaze fan COVID-19 yn needôfdielingen: ein-oan-ein yntegraasje yn 'e praktyk. Expert Reverend Respire. medisinen. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluaasje fan 'e COVID19 ID NOW EUA assay. Mitchell, SL & St George, K. Evaluaasje fan 'e COVID19 ID NOW EUA assay.Mitchell, SL en St. George, K. Evaluaasje fan 'e COVID19 ID NOW EUA assay.Mitchell SL en St. George K. Evaluaasje fan 'e COVID19 ID NOW EUA assay. J. Klinysk. Firus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WSO. Laboratoariumdeteksje fan sykte fan coronavirus 2019 (COVID-19) yn fertochte minsklike sykte. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (tagong op 15 augustus 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnoaze fan COVID-19: Sykten en ark foar testen. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Oprjochting fan it Kolleezje fan Pathologen fan East-, Sintraal- en Súdlik Afrika - Regionale Skoalle foar Pathology fan it Midden-Easten en Súd-Afrika. Afrika. J. Lab. medisinen. 9(1), 1-8 (2020).
Etiopysk Ynstitút foar Folkssûnens, Federaal Ministearje fan Folkssûnens. Interim nasjonale strategy en begelieding foar laboratoariumdiagnoaze fan COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (tagong op 12 augustus 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falske negative tests foar SARS-CoV-2-ynfeksje útdagings en gefolgen. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falske negative tests foar SARS-CoV-2-ynfeksje útdagings en gefolgen.Voloshin S., Patel N. en Kesselheim AS Falsk-negative tests foar SARS-CoV-2-ynfeksjes en har gefolgen.Voloshin S., Patel N. en Kesselheim AS Falsk-negative tests foar provokaasje en de ynfloed fan SARS-CoV-2-ynfeksje. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falsk-positive en falsk-negative COVID-19 gefallen: Respiratory previnsje en behearstrategyen, faksinaasje, en fierdere perspektiven. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falsk-positive en falsk-negative COVID-19 gefallen: Respiratory previnsje en behearstrategyen, faksinaasje, en fierdere perspektiven. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI . вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI False positive en falsk negative gefallen fan COVID-19: respiratory previnsje en behannelingstrategyen, faksinaasje en de wei foarút.Muliu, DS en Gurgulianis, KI Falsk-positive en falsk-negative gefallen fan COVID-19: strategyen foar respiratory previnsje en behanneling, faksinaasje en de wei foarút. Expert Reverend Respire. medisinen. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-diagnoaze yn 'e needôfdieling: de beam sjen, mar it bosk ferlieze. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-diagnoaze yn 'e needôfdieling: de beam sjen, mar it bosk ferlieze.Mouliou, DS, Ioannis, P. en Konstantinos, G. COVID-19 Diagnoaze yn 'e Emergency Department: Sjoch de beam, ferlieze it bosk.Muliou DS, Ioannis P., en Konstantinos G. Diagnosis fan COVID-19 yn needkeamers: net genôch bosk foar de beammen. Skine. medisinen. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validaasje en falidaasje fan 'e analytyske en klinyske prestaasjes fan' e Abbott RealTime SARS-CoV-2 Assay. J. Klinysk. Firus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Fergeliking fiif primersets út ferskate genome regio fan COVID-19 foar detectie fan firus ynfeksje troch konvinsjonele RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Fergeliking fan fiif primersets út ferskate genomeregio's fan COVID-19 foar detectie fan firusynfeksje troch konvinsjonele RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. en Aflatunyan, B. Fergeliking fan fiif sets primers út ferskate regio's fan it COVID-19-genoom foar detectie fan virale ynfeksje troch konvinsjonele RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Fergeliking fan 5 ferskillende genetyske regio's fan COVID-19 foar detectie fan virale ynfeksje troch konvinsjonele RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. en Aflatunyan B. Fergeliking fan fiif sets primers út ferskate regio's fan it COVID-19-genoom foar detectie fan virale ynfeksje troch konvinsjonele RT-PCR.Iran. J. Mikrobiology. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Foarriedige resultaten fan it nasjonale programma foar beoardieling fan eksterne kwaliteit foar it opspoaren fan SARS-CoV-2-genoomsekwinsjes. J. Klinysk. Firus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analytyske evaluaasje fan 'e effektiviteit fan fiif RT-PCR-kits foar swier akuut respiratorysyndroom Coronavirus 2. J. Clinical. laboratoarium. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Evaluaasje fan sân kommersjeel beskikbere SARS-CoV-2 RNA-deteksjekits yn Sina basearre op real-time polymerase chain reaction (PCR). klinysk. Gemysk. laboratoarium. medisinen. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Fergeliking fan sân kommersjele RT-PCR COVID-19 diagnostyske kits. J. Klinysk. Firus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Fergeliking fan diagnostyske prestaasjes fan twa PCR-kits foar de deteksje fan SARS-CoV-2-nukleïnsoeren. J. Klinysk. laboratoarium. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, ensfh. In fergelykjende stúdzje fan fjouwer SARS-CoV-2 nukleïnezuur-amplifikaasjetesten (NAAT) platfoarms liet sjen dat ID NOW-prestaasjes signifikant degradearre waarden ôfhinklik fan pasjint en sampletype. diagnoaze. mikrobiology. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbott molekule. Abbott real-time SARS-CoV-2-analysepakket ynfoegje. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Fanaf 10 augustus 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-CoV-2 RNA-isolaasje mei magnetyske kralen foar rappe grutskalige deteksje troch RT-qPCR en RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).