Prestaasje fan fjouwer kearn-amplifikaasje-assays om SARS-COV-2 te identifisearjen yn Ethiopië

Tige tank foar it besykjen fan natuer.com. Jo brûke in browserferzje mei beheinde CSS-stipe. Foar de bêste ûnderfining advisearje wy dat jo in bywurke browser brûke (kompatibiliteitsmodus yn Internet Explorer brûke). Derneist, om oanhâldende stipe te garandearjen, litte wy de side sjen sûnder stilen en javascript.
Toant in karousel fan trije dia's tagelyk. Brûk de foarige en folgjende knoppen om troch trije dia's tagelyk troch te gean, of de sliderknoppen oan it ein te brûken om troch trije dia's tagelyk te bewegen.
Sûnt de Coronavirus-sykte (Covid-19) útbraak (Covid-19), binne in protte kommersjele nucleike testen (nuats) (nuats) om 'e wrâld ûntwikkele en binne standert assays wurden. Hoewol ferskate tests waarden gau ûntwikkele en tapast op laborato-diagnostyske tests, is de prestaasjes fan dizze tests net evalueare yn in ferskaat oan ynstellingen. Dêrom rjochte dizze stúdzje om de prestaasjes fan 'e prestaasjes fan' e Abbott SARS te evaluearjen-2, Daan Gene, BGI, en Sansure Biotech-assays mei de gearstalde referinsjebestandard (CRS). De stúdzje waard útfierd op it Ethiopyske SEPPITUITE (EFI-SENTHE INSITUTE (EFI) fan 1 oant 30 desimber 2020. 164 Nasopharynske samples waarden ekstrakt mei de QIAAM RNA MINI KIT EN DE ABBOTT DNA SPAPLEE SYSTEM. Fan 164 eksimplaren, 59.1% wiene posityf en 40,9% wiene negatyf foar CRS. Sansure biotech-positiviteit wie signifikant leech yn ferliking mei CRS (P <0,05). Sansure biotech-positiviteit wie signifikant leech yn ferliking mei CRS (P <0,05). Положитые результаты Sansure Biotech Temaли стачительно Ниже По Сравнебо стч Crs (P <0,05). Sansure biotech's positive resultaten wiene signifikant leger yn ferliking mei CRS (P <0,05).与 Crs 相比, Sansure biotech 的阳性率显着较低 (p <0,05).与 Crs 相比, Sansure biotech 的阳性率显着较低 (p <0,05). У Sansure Biotech Было зна значительно Меложительных резульшных резуутатов по сравнебов сравнебов с Crs (P <0,05). Sansure biotech hie signifikant minder positive resultaten yn ferliking mei CRS (P <0,05).De algemiene oerienkomst fan 'e fjouwer analyses wie 96.3-100% yn ferliking mei CRS. Neist it lege positiviteit fan 'e lege positiviteit fan' e Sansure Biotech Asay, wie de prestaasjes fan 'e fjouwer-assays hast te ferlykjen. As sadanich is de Sansure Biotech (Ruo) allinich (RUO)] Assay ekstra validaasje nedich foar syn gebrûk yn Ethiopië. Uteinlik soe ekstra ûndersyk moatte wurde beskôge as evaluearjen fan assays mei passende oanspraken fan fabrikant.
Laboratoarium testen is diel fan 'e Wrâldsûnensorganisaasje (WHO) Strategysk plan foar Coronavirus-sykte 2019 (Covid-19) Preparedness en reaksje (SPP). Wa adviseart dat lannen hawwe om laboratoariumfermogen te bouwen om tarieding te ferbetterjen, juste gefalbehear, vigilance en rappe antwurd op útdagings foar iepenbiere sûnens. Dit suggereart dat de rol fan 'e laboratoarium is om de sykte en epidemiology te karakterisearjen fan opkommende ynfekteare aginten en har sprieding te kontrolearjen.
De diagnoaze fan Covid-19 fereasket epidemiologyske en medyske ynformaasje, persoanlike symptomen / tekens, en radiografyske en laboratoariumdatum2. Sûnt de kovid-19-útbrek waard rapporteare yn Wuhan, Sina, in protte kommersjele nukleike soere testen (nuats) binne ûntwikkele rûn de wrâld. Echte-tiid omkearde transkripsje polymerae-ketting (rrt-pcr) is brûkt as in routine en standertmetoade foar laboratoariumdiagnose fan slimme akute respiratoariums syndroom 2 (SARS-COV-2) 3 ynfeksje. Molekulêre deteksje fan SARS-COV-2 is typysk basearre op 'e N (nucleocapes Gene), E (Envelope Gene), en RDRP (RNA-ôfhinklike Gene) Genes yn Orf1a / B (iepen lêzenframe 1A / B). Gene) Regio identifisearre út it virale genoom. Se wurde beskôge as it haad beantwurde regio's fûn yn virale genomes foar firus erkenning4. Under dizze genen hawwe de RDRP en E-genen hege analytyske detectiviteit gefoelichheid, wylst it n Gene leech analytyske sensitiviteit hat.
De prestaasjes fan PCR-assays kinne ferskille, ôfhinklik fan ferskate faktoaren lykas: Ekstraksje reangen, amplifikaasje / deteksje opnij, ekstraksjemetoade, kwaliteit fan 'e PCR-masine en oare ynstruminten. Fanôf april 2020 hat mear dan 48 ferskillende diagnostyske apparaten út njoggen lannen hawwe krigen brûkers (EUA) foar de diagnostyk fan Bovid-196. Yn Etioopje wurde mear dan 14 real-time PCR-platfoarms brûkt foar PCR-deteksje fan SARS-COV-2 by 26 iepenbiere sûnensynstellingen, ynklusyf Abi 7500, Abbott M2000, Roche 48000 en Quant-Studio7. Derneist binne ferskate PCR-testen te krijen, lykas Daan Gene Test, Abbott Sars-Cov-2 Test, Sansure Biotech-test, en Sars-Cov-2 BGI-test. Hoewol RRT-PCR heech gefoelich is, guon pasjinten mei Covid-19 Rapportearje falske negative eksimplaren fan Virale links yn samples fanwege ferkearde samling, opslach en ôfhanneling en laboratoariumkesten. betingsten en aksjes fan personiel8. Derneist of kontrôle of kontrôle mishandling, fytsen drompel (CT) ynstelling, en krús-reaktiviteit mei oare patogenyske soeren as ynaktyf SARS-COV-2 RNA om te liede ta falske positive resultaten yn RRT-PCR9-assays. Sa is it dúdlik dat PCR-tests dy't yndie kin identifisearje, identifisearren, om't se net iens kinne ûnderskiede tusken wirklik virale genen, sadat de tests allinich kinne identifisearje en net pasjinten10. Dêrom is it wichtich om diagnostyske prestaasjes te beoardieljen mei standertmetoaden yn ús ynstelling. Hoewol in protte NAAT-reagels binne te krijen by it Etiopyske Public Health Institute (EFI) en yn it heule lân yn it heule lân, is gjin ferlykjend evaluaasje fan har effektiviteit noch rapporteare. Dêrom rjochte dizze stúdzje oer de ferlykjende prestaasje fan kommersjeel beskikbere kits evaluearjen foar de deteksje fan SARS-COV-2 fan RRT-PCR mei klinyske eksimplaren.
Yn totaal fan 164 dielnimmers mei fertochte Covid-19 waarden opnommen yn dizze stúdzje. De mearderheid fan samples wiene út behanneling sintrums (118/164 = 72%), wylst de oerbleaune 46 (28%) dielnimmers út net-behannelen sintrum wiene. Under dielnimmers behannele net yn it sintrum, 15 (9,1%) hienen klinysk fertochte gefallen en 31 (18,9%) hie kontakten fan befêstige gefallen. Dielnammen (56,7%) Dielnimmers wiene manlik, en de gemiddelde (± SD) leeftyd fan 'e dielnimmers wie 31.10 (± 11,82) jier.
Yn dizze stúdzje, positive en negative tariven fan fjouwer testen foar Covid-19 waarden bepaald. Sa binne de positive tariven fan 'e ABBIT-SARS-COV-2 Assay, Daanse 18-COV-2019-NCOV-assay, 2 BGI-assay, en Sansure Biotay, 58%, 58%, 58,5%, 57,9% en 55,5% respektivelik. De positive en negative gearstalde referinsje standert (CRS) SCORES wiene 97 (59,1%) en 67 (40,9%), respektivelik (Tabel 1). Yn dizze stúdzje wie de definysje fan CRS basearre op 'e ombraak "elke positive" regel, wêrtroch út fjouwer testresultaten, twa of mear testresultaten dy't itselde resultaat joegen waarden as negatyf beskôge as negatyf beskôge as negatyf.
Yn dizze stúdzje fûnen wy in negative persintaazje oerienkomst (NPA) fan 100% (95% CI 94,6-100) foar alle analyses yn ferliking mei CRS. De Sansure biotechnology analyse toande in minimaal pPa fan 93,8% (95% ci 87,2-91.1) en de Daanse Gene 2019-NCOV-analyse hie in algemiene oerienkomst fan 99,4% (95% ci 96.6-99.9). Yn tsjinstelling ta algemiene oerienkomst tusken de SARS-COV-2 BGI-assay en de Sansure biotech wie 19-NCOV-assay 98,8% en 96,3%, respektivelik (Tabel 2).
Cohen's Kappa-koëffisjint fan oerienkomst tusken CRS en Abbott Sars-Cov-Cov-Cov-2 Assay-resultaten wiene folslein konsistint (K = 1,00). Likemin ûntdekt Cohen's Kappa-wearden troch Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI, en Sansure Biotech 2019-NCOV binne ek folslein konsistint mei CRS (K ≥ 0,925). Yn dizze ferlykjende analyse toande de Chi-Square-test (McNemar-test (McNemar-test) dat de Sansure Biotech 2019-NCV-assay-resultaten signifikant oars wiene fan 'e CRS-resultaten (P = 0,031) (Tabel 2).
Lykas werjûn yn Fig.1 It persintaazje fan leechste CT-wearde (<20 CT) SARS-COV-COV-COV-COV-COV-2 (COMBINDE RDRP WAS 87,6% CT-wearde (<20 CT) 50,3% en de hege Ct-wearde (36-40 CT) wie 3,2%. 1 It persintaazje fan leechste CT-wearde (<20 CT) SARS-COV-COV-COV-COV-COV-2 (COMBINDE RDRP WAS 87,6% CT-wearde (<20 CT) 50,3% en de hege Ct-wearde (36-40 CT) wie 3,2%.Lykas werjûn yn Fig.1, процен Biotech 2019-NCOV показало что процент Низкоцент Низкоцент Низкоцент Низкоцент Низкоцент Низкоцено что процент Низкоцено что процения CT (<20 CT) Составлял 50,3%, а Вы гоче Пы Высы знач (Пысокое ан (36-40 CT) соста ло 3,2%. 1, it persintaazje fan 'e leechste CT-wearde (<20 CT) Analyse fan Abbott Sars-COV-2 (kombineare Gene Analyse fan Sansure of Low CT-wearde (<20 CT-wearde, en Hege wearde CT (36-40 CT) rekkene 3,2%.如图 1 所示, Abbott Sars-Cov-2 检测 (结合 RDRP 和 n 基因) 的最低 CT 值百分比 (<20 CT) 为 87,6% biotech 2019-NCov 检测的 CT 值 (<20 CT 值 (36-40 CT) 的百分比为 3.2%. Lykas werjûn yn figuer 1, de leechste CT-persintaazje (<20 CT) fan Abbott SARS-COV-CT-CHEM WURDS IS MEI CT 值 (<20%, 高 CT 值 (36-40 CT) 的 PERCENTAGE IS 3,2%. Как показано на Рисуне 1, ниналсуне 1, аналуне 1, аналуне 1, аналуне 1, аналуне 1, ан .. Abbott Sars-Cov-2 (Соччщщщ Низке Нроееммм cм c Вроеззе пмНт 8е 8еззз 87,6%, а значение CT Гена Orf1a / B В в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ NCOV Показал Низкий Ct. Lykas werjûn yn figuer 1, de ABBP-SARS-2-COV-2 (kombinearjen fan 'e RDRP en N-genen) hiene de leechste persint, wylst de OFF1A / BE yn' e Sansure Biotech 2019 stúdzje hat - de analyze fan NCOV toande in leech CT. Процент Процент Процений (<20 CT) состави а 50,3%, асоких высоних значоких значений ct (36-40 CT) составил 3,2%. It persintaazje wearden (<20 CT) wie 50,3%, en it persintaazje fan hege Ct-wearden (36-40 CT) wie 3,2%.De ABBott SARS-COV-2 B-test opnommen CT-wearden boppe 30. Oan 'e oare kant, op' e BGI SARS-COV-2 Asf1a / Bed hie in Gene (> 36 Ct) persintaazje wie 4% (Fig. 1). Oan 'e oare kant, op' e BGI SARS-COV-2 Asf1a / Bed hie in Gene (> 36 Ct) persintaazje wie 4% (Fig. 1). С Другой стороны, в стороны, в стоны, в ст SARS-COV-2 Ген Orf1a / B имел ВыКоеС Которого Которого сроцтавлял 4% (Рис. 1). Oan 'e oare kant hie yn' e analyze fan BGI SARS-COV-2 Gene Orf1a / B in hege CT-wearde (> 36 CT), it persintaazje wêrfan 4% wie (Fig. 1).另一方面, 在 BGI SARS-COV-2 检测中, ORF1A / B 基因具有高 CT 值 (> 36 CT) 的百分比为 4% (图 1). Oan 'e oare kant, yn BGI SARS-COV-2-deteksje, it persintaazje Orf1a / B Gene mei hege CT-wearde (> 36 CT) is 4% (Figuer 1). С Другой стороны, в сизе BGI SARS-COV-2 Untfongen ORF1A / B Oan 'e oare kant, yn' e BGI SARS-COV-2 analyse, 2-persintaazje orf1a / B-genen mei hege CT-wearden (> 36 Ct) 4% (Fig. 1).
Yn dizze stúdzje namen wy 164 Nasopharngeal-samples. Foar alle soarten assays waard RNA isolaasje en amplifikaasje útfierd mei de metoaden en kits oanrikkemandearre troch de respektive fabrikanten.
Dizze stúdzje demonstreare dat Abbott's test foar SARS-COV-2 deselde detection-prestaasjes hat as CRS, mei 100% posityf, negatyf, en algemiene konkordânsje. Cohen's Kappa-oerienkomst is 1,00, oanjout de folsleine oerienkomst mei CRS. In soartgelikense stúdzje troch de Universiteit fan Washington yn 'e FS fûn yn' e FS dat de algemiene gefoelichheid en spesifisiteit fan 'e ABAR-COV-2 wie, respektivelik yn fergeliking, fergelike mei it laboratoariumdesifisearre assay (LDA) fan' e CDC. 11. De Abbott Sars-Cov-2-deteksje-systeem is basearre op 'e tagelyk kombineare deteksje fan' e N- en RDRP-genen, om't beide genen gefoeliger binne, falske negativen minimearje. In stúdzje yn Wenen, Eastenryk lieten ek sjen dat grutte ekstraksje dy't volumes en detection Eluante Volumes minimalisearre ferwidere-effekten en ferhege detectice-effisjinsje is. Sa kin Abbott de perfekte wedstryd foar it SARS-COV-2-assay-assosjeare wurde mei in platfoarm-deteksje-systeem dat tagelyk detekteart, in grut oantal samples (0,5 ml) en brûkt in grutte hoemannichte eluent (40 μL).
Us resultaten lieten ek sjen dat de detection-prestaasjes fan 'e Daan Genetyske test hast itselde wie as dy fan CRS. Dit is konsistint mei in stúdzjes14 útfierd by Anhui University yn Huainan, Sina, en de eask fan 'e fabrikant fan 100% positive oerienkomst. Nettsjinsteande rapporten fan konsistente resultaten wie men falsk negatyf nei it retearjen fan itselde eluate, mar wie posityf yn 'e Abbott Sars-Cov-2 en Sansure Biotech NCOV-2019 Assen. Dit suggereart dat der fariabiliteit kin wêze yn resultaten oer ferskate soarten assays. Dochs waard yn 'e stúdzje yn China15 útfierd yn China15, wie it resultaat fan' e Daanse-Assay signifikant oars (P <0,05) yn ferliking mei har lab-definieare referinsje assay. Dochs waard yn 'e stúdzje yn China15 útfierd yn China15, wie it resultaat fan' e Daanse-Assay signifikant oars (P <0,05) yn ferliking mei har lab-definieare referinsje assay. ТА ее менее, в иСсдеه, реитеднии, в китает (резулета эталонного анализа. Yn in stúdzje yn Sina15 wie lykwols de analyseleal fan Daanse Geneal Signifikant (P <0,05) fan har arbeidsjeranalyse.然而, 在中国进行的研究中 15, 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 (P <0,05).然而, 在中国进行的研究中 15, 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0.05 Однако в иССедеهН В пвтаНеНнНН м ,Ны ГезНеТиСеСКо геста Daans значительно отличались (P <0,05) по сравнению сравнению эپталонным лаабораторным тестом. Yn in stúdzje yn China15 wiene de resultaten lykwols fan Daans's Genetyske test signifikant oars (P <0,05) yn ferliking mei syn referinsje laboratoariumtest.Dizze ôfwiking kin wêze fanwege de gefoelichheid fan 'e referinsjeproef om SARS-COV-2 te detektearjen, en fierdere stúdzjes kinne wichtich wêze om de oarsaak mooglik te bepalen.
Derneist evaluearre ús stúdzje de ferlykjende prestaasjes fan 'e SARS-COV-2 BGI-assay mei poerbêst positive poscece-oerienkomst (PPA = 97,9%), en algemien persintaazje oerienkomst troch geslacht (OPA). . = 98,8%). Cohen's Kappa-wearden lieten goede oerienkomst sjen litte (k = 0.975). Stúdzjes yn Nederlân16 En China15 hawwe konsistente resultaten sjen litten. De SARS-COV-2 BGI-test is in inkele gen (orf1a / b) Detekent-test mei 10 μl-amplifikaasje / detaksjes eluate. Nettsjinsteande goede statistyske oerienkomst mei ús referinsjesultaten miste de analyze twa positive samples (1,22%) fan it totale stekproef. Dit kin enoarme klinyske ymplikaasjes hawwe foar Transmissynamics by sawol de pasjint as mienskipsnivo's.
In oare ferlykjende analyse opnommen yn dizze stúdzje wie de Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) ASSAY; De persintaazje fan 'e totale wedstriid wie 96,3%. De sterkte fan oerienkomst waard ek bepaald troch de Kappa-wearde fan Cohen, dat wie 0,925, oanjout folsleine oerienkomst mei de Crs. Op 'e nij binne ús resultaten identyk mei stúdzjes útfierd op Sintraal-Súd-universiteit yn Changsha, Sina, en by it klinyske laboratoariumôfdieling fan it sikehûs fan Liuzhou People, Liuzhou City, China17. Sels is de boppesteande goede statistyske konkordinsje opnommen, die bliken, de Chi-Square-test (MacNemar-test) dat it gefolch fan 'e Sansure Biotech Assay in statistysk signifikant ferskil hie fergelike mei CRS (P <0,005). Sels is de boppesteande goede statistyske konkordinsje opnommen, die bliken, de Chi-Square-test (MacNemar-test) dat it gefolch fan 'e Sansure Biotech Assay in statistysk signifikant ferskil hie fergelike mei CRS (P <0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) Показал, что ре ре ре ре Розуль Biotech иМáет Сеет Сеет стачестичестичестичестичеестичеестичетя созличие созличие сравличие созличие созличие созличие созличие созличие созличие созличие сри Hoewol de goede statistyske oerienkomst waard opnommen, waard de Chi-Square-test (McNemar-test) dat it resultaat fan 'e Sansure Biotech Assay in statistysk signifikant ferskil hie yn ferliking mei de CRS (P <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性, 但卡方检验 (MacNemar 检验) 表明, Sansure biotech 检测的结果与 Crs 相比具有统计学显着差异 (P <0,005).尽管 记录 了 上述 良好 统计 统计 统计 一致性, 但 一致性 (MacNeMar 检验 ,, Sansure biotech 检测 结果 与 Crs 相比 具有 显着 ((P <0,005 ...................)))) НесМотря На нзоточчНне Вышо хорошее хорошее Атветстистичестистистие Аи -терий хи-квадрат (Критерий Макнемагемагемагема Мгра 6 Разницу (P <0,005) между анализом Sansure biotech и CRS. Nettsjinsteande de hjirboppe bestiet boppe de goede statistyske oerienkomst, toande de Chi-Square Test (McNemar-test (McNemar-test) in statistysk signifikant ferskil (P <0,005) tusken de Sansure Biotech-assay en de Crs.Seis samples (3,66%) waarden fûn te wêzen falske negativen yn ferliking mei CRS (oanfoljende Tabel 1); Dit is heul wichtich, fral de dynamyk jûn de dynamyk fan oerdracht fan it firus. De boppesteande gegevens stipet ek dit lege deteksje-taryf15.
Yn dizze stúdzje waarden CT-wearden bepaald foar elk assay en respektivelik platfoarm, mei de leechste gemiddelde CT-wearde rapporteare yn 'e Abbott Sars-Cov-2 Asay. Dit resultaat kin relatearre wêze oan it tagelyk fan Abbott kombineare genetyske testsysteem foar de deteksje fan Sars-Cov-2. Dêrom hienen neffens Figuer 1, 87,6% fan Abbott Sars-COV-2-COV-2 haadwearden ûnder 20. Allinich in lyts oantal stekproef-resultaten (12,4%) wiene yn it 20-30 berik. CT-wearden boppe 30 waarden net opnomd. Neist it gebrûk fan Abbott fan it SARS-COV-2 Panel Genetyske testen fan Genetyske testen, kin wurde relatearre oan 'e legere deteksje / ml) 18, dy't leger is leger fan' e legere limyt fan 'e legere limyt fan 100 RNA-kopyen / ML. ml) 19.
Dizze stúdzje hat wat beheiningen: As earste hawwe wy gjin standert- / referinsjemetoaden [lykas virale lading as oare laboratoariumtests (LDA)] fanwege gebrek oan boarnen. Twad, alle eksimplaren waarden yn dizze stúdzje nasopharngeale swabs, wylst de resultaten net fan tapassing wiene op oare specimen soarten, en tredde, ús foarbyldgegrutte wie lyts.
Dizze stúdzje fergeliket de prestaasjes fan fjouwer rrt-pcr-assays foar SARS-COV-2 mei nasopharyngeale samples. Alle detection-assays hiene hast ferlykbere prestaasjes, mei útsûndering fan 'e Sansure biotech assay. Neist, waard it lege positiviteitsnivo identifisearre yn 'e Sansure Biotech assay fergelike mei de CRS (P <0,05). Neist, waard it lege positiviteitsnivo identifisearre yn 'e Sansure Biotech assay fergelike mei de CRS (P <0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech Быя выя віжий ползкий ползкий ползкий процент половкий ползкитатов по Сравкию с Crs (P <0,05). Derneist toande de Sansure Biotech-test in leech persintaazje positive resultaten yn ferliking mei CRS (P <0,05).此外, 与 Crs 相比, Sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05).此外, 与 Crs 相比, Sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05). Кроме того, того, ана Biifure biotech имел более низкий низкий низкий половатени с сравнебов по сравнебов по сравнебов по СраольльНнв с CRS (P <0,05). Derneist hie de Sansure Biotech Assay in legere positiviteitsnelling fergelike mei CRS (P <0,05).The Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) Analyse fan PPA, NPA en algemiene oerienkomst mear as 93,5% is mear as 93,5% mei in cohen kappa sterkte fan oerienkomst fan 0,925. Uteinlik hat de Sansure biotech assay (ruo) fierdere falidaasje nedich foar gebrûk yn Ethiopië, en ekstra ûndersyk moat wurde beskôge as bewaringen út yndividuele fabrikanten.
Fergelikende stúdzjeûntwerp waard útfierd op fjouwer sûnensfasiliteiten yn Addis Abebe-sikehûs, Millennium Church Treatment, Zewooditu Memorial Hospital, en Sint-Peter's Tuberculose Sikehûs Sikehûs. De gegevens waarden sammele tusken 1 desimber 2020. De medyske foarsjenningen wiene doelbewust keazen waarden doelbewust keazen op basis fan har heech oantal gefallen en de beskikberens fan grutte behanneling yn 'e stêd. Likemin, ynstruminten, ynklusyf de ABI 7500 en Abbott M2000 Real-Time-ynstruminten, waarden selektearre, waarden selekteare, en fjouwer PCR-detectorfabrikanten waarden selekteare, lykas de measte laboratoaren teminsten teminsten fjouwer fan har brûkt hawwe. Gene test, Abbott Sars-Cov-2 Test, Sansure biotech test, en SARS-COV-2 BGI-test útfierd tidens de stúdzje).
Testing foar SARS-COV-2 waard útfierd fan 1 oant 30 desimber 2020 mei 3 ml Viral Transport Medium (Miracleeske Technology, Shenzhen, Sina) fan yndividuen ûnder ûndersyk nei ûndersyk foar Covid-19 neamd. Nasopharyngeal-samples waarden sammele troch oplaat sample samlingen en stjoerd nei Efi yn Triple Packs. Foarôfgeand oan nukleike soere isolaasje, wurdt elk stekproef in unyk identifikaasjennûmer tawiisd. Ekstraksje wurdt útfierd fan elke stekproef om oankomst by oankomst mei hânmjittige en automatyske ekstraksjemetoaden. Sa, foar de automatyske ekstraksje fan Abbott M2000, 1.3 ML (ynklusyf 0,8 ml-eardere folume) fan elke stekproef en trochjaan troch de ablott DNA-SAMPERSYST (Abbott MolEcular Inc. Des Plaines, IL, Feriene Steaten, IL, FS). ) In batch fan 96 [92 samples, twa kontroleart fan twa deteksje en twa net-sjabloanen (NTC)] waard opnommen yn it totale proses (opheljen) fan twa rûnten SARS-COV-2 (Eua) yn echte tiid. mynbou. Likemin brûk foar hânmjittige ekstraksje, brûk deselde samples (foar automatyske ekstraksje en ûntdekking). Sa waarden 140 μl-samples yn 'e μl aliquoseare en ekstrakt mei it Qiaamp Viral RNA mini-kit (Qiogen Gmbh, Hilden, Dútslân) yn Batches, twa samples, twa nTCS) oer njoggen ronden. Manueel exrakteare eluates waarden ôfsetten en ûntdutsen mei in abi 7500 thermyske syklier mei sars-cov-2 bgi-assay, taks-assay, en sansure biotech assay.
Automatisearre isolaasje en suvering fan SARS-COV-2 Viral RNA folget it magnetyske beadprinsipe mei Abbott DNA-sample reparaasje Reaginten. Ynaktivaasje fan samples en solubilisaasje fan virale dieltsjes wurde útfierd mei in wasmiddel mei guanidine isothiocyanaat om it proteïne te wegerjen en ynaktiven. De RNA wurdt dan skieden fan it proteïne troch Solid Phase-skieding mei Silica, dat is it Guanidinium Salt en de Alkaline PH fan 'e Lysysbuffer Binding Binfter befoarderje fan' e nukleïde soeren nei de Silica (SIO2). De spoeljende stap ferwideret oerbleaune proteïnen en pún om in dúdlike oplossing te produsearjen. Transparante RNA wurdt isolearre út silika-basearre microparticles mei it magnetyske fjild20.21 fan it ynstrumint fan it ynstrumint. Oan 'e oare kant wurdt manleaze en suvering fan RNA útfierd troch de spin-kolom-metoade mei sintrifugaasje yn plak fan in magnetyske stân en skieding fan mikroparingen fan' e eltich.
De ABBott Real-Time Sars-Cov-2-deteksje-test (Abbott Molecular, Inc.) waard útfierd neffens de ynstruksjes fan 'e fabrikant, dy't EUA19,22 krige fan' e wa en FDA. Yn dit protokol, stekproef-ynaktivaasje foardat ekstraksje waard útfierd yn in wetterbad yn 56 ° C foar 30 min. Nei firus ynaktivaasje waard nukleike soere ekstraksje útfierd op in abmott M2000 SP-ynstrumint fan 0,5 ml VTM mei in abtbean fan abott m2000 DNA-tariedingysteem. Neffens de fabrikant. Amplifikaasje en deteksje waarden útfierd mei in abt-PCR-ynstrumint, en dûbele deteksje waard útfierd foar de RDRP en N Genes. Rox) en vic p (proprietary dyye) foar targeting en deteksje fan ynterne kontrôles, wêrtroch tagelyk deteksje kinne nimme fan beide amplifikaasjeprodukten 19.
De metoade foar ôfdrukkende detectie fan dizze kit is basearre op ien-stap RT-PCR-technology. De Orf1a / B en N-genen waarden selekteare as konservearre regio's troch Daanse Gene Technology om Target Regiospumping te detektearjen. Spesifike primers en fluorescerende probes (n Gene probes markearre mei fam, orf1a / b-probes markearre mei vic) binne ûntworpen om sars-cov-2 rna yn te hâlden yn samples. De definitive eluent en Master-mixes waarden taret troch 5 μl fan Eudent ta te foegjen oant 20 μL fan 'e Master Mix nei in definityf folume fan 25 μl. Amplifikaasje en deteksje waarden tagelyk útfierd op in ABI 750024 Real-Time PCR-ynstrumint.
De Orf1a / B en N-genen waarden ûntdutsen mei de Sansure Biotech NCOV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (Fluorescerende PCR-detection). Spesifike probes tariede foar elk doel gene troch it famkanaal te kiezen foar de orf1a / b-regio en it rox kanaal foar it n Gene. Nei dizze assay-kit, wurde eluent en Master mix tafoege as folget: Tariede 30 μL Master Mix Reagent en 20 μL elodere stekproef foar detektyf / amplifikaasje. Real-Time PCR ABI 750025 waard brûkt foar ôfdruk fan ôfdrukking / deteksje.
De SARS-COV-2 BGI-test is in fluorescerende real-tiid RRT-PCR-kit foar de diagnoaze fan Covid-19. De doelbaan leit yn 'e Orf1a / B-regio fan it SARS-COV-2 Genome, dat is in metoade fan' e Genome. Derneist is it minsklike húshâlden Gene β-aktin in ynterpaal regele doel gene. De Master Mix is ​​taret troch 20 μL fan 'e Master Mix Reagent te mingjen en 10 μL fan it ekstraktisearre RNA-stekproef yn in goed plate26. In ABI 7500 Fluorescerende kwantitative Real-Time PCR-ynstrumint waard brûkt foar ôfdrukken en deteksje. Alle nukleike soere amplifikaasje, PCR-truning foar elke assay foar elke assay, en ynterpretaasje fan resultaten waarden útfierd neffens de ynstruksjes fan 'e respektive fabrikant (Tabel 3).
Yn dizze ferlykjende analyse brûkten wy de referinsje-standertmetoade net om persintaazje oerienkomst te bepalen (positive, negatyf, en algemiene) en oare fergelikingsparameters foar de fjouwer analyses. Elke testfergeliking waard dien mei CRS, yn dizze stúdzje waard de CRS ynsteld troch de regel "Elk posityf" en it resultaat waard bepaald, net troch ien test, wy hawwe teminsten twa matched testresultaten brûkt. Derneist binne False-negative resultaten fan Covid-19-apparaat gefaarliker gefaarliker dan falske positive resultaten. Dêrom moatte sizze "posityf" sa akkuraat as mooglik fan in CRS-resultaat, moatte teminsten twa-assay-tests posityf wêze, wat betsjuttet dat teminsten ien posityf resultaat wierskynlik komt fan in EUA-assay. Sa út fjouwer testresultaten, twa of mear testresultaten dy't itselde resultaat jouwe wurde beskôge as wiere positive as negatyf |
Gegevens waarden sammele mei struktureare gegevenswinning fan gegevens, gegevens yngong en analyse waarden útfierd mei Excel Statistyske software en SPSS-ferzje 23.0 foar beskriuwende statistyk. Posityf, negatyf, en algemiene prosint-oerienkomst waarden analysearre, en in Kappa-skoare waard brûkt om de graad fan oerienkomst te bepalen fan elke metoade mei CRS. Kappa-wearden wurde ynterpretearre as folgjend: 0.01 nei Mild Agreement, 0,21 oant 0,40 oant 0,40 foar algemiene oerienkomst, 0,41-0,80 foar grutte oerienkomst en 0,81-0.99 foar folsleine oerienkomst.
Etyske klaring waard krigen fan 'e Universiteit fan Addis ADABA en alle eksperimentele protokollen foar dizze stúdzje waarden goedkard troch it Etiopyske Public Health Institute's Wittenskiplik Ethics Review Board. It referinsjeûmer foar de EFI Ethics-lisinsje is Efi / IRB-279-2020. Alle metoaden waarden tapast yn oerienstimming mei de oanbefellings en foarsjenningen fan 'e Etiopyske nasjonale wiidweidige rjochtlinen foar de behanneling fan Covid-19. Derneist waard skreaun op 'e hichte keazen waard krigen fan alle stúdzje dielnimmers foarôfgeand oan dielname oan' e stúdzje.
Alle gegevens krigen of analysearre wurde yn dizze stúdzje binne opnommen yn dit publisearre artikel. Gegevens dy't de resultaten stipe fan dizze stúdzje binne te krijen fan 'e respektivelike auteur by ridlike oanfraach.
Wrald sûnens organisaasje. Oanbefellingen foar laboratoarium testenstrategyen foar Covid-19: Interim-begelieding, 21 maart 2020 No. WIE / 2019-NCOV / Lab_Testing / 2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Covid-19 Smart Diagnosis yn 'e Emergency-ôfdieling: Alles yn' e praktyk. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Covid-19 Smart Diagnosis yn 'e Emergency-ôfdieling: Alles yn' e praktyk.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. en Gurgulianis, KI-yntelliginte diagnoaze fan Covid-19 yn 'e Emergency-ôfdieling: Alles yn' e praktyk.Muliou DS, Pantazopoulos I. en Gurgele-diagnoaze fan Covid-19 yn needôfdielingen: End-to-end-yntegraasje yn 'e praktyk. Ekspert reverend respire. medisinen. 3, 263-272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluaasje fan 'e Covid19-ID no EUA-assay. Mitchell, SL & St George, K. Evaluaasje fan 'e Covid19-ID no EUA-assay.Mitchell, SL en Sint George, K. Evaluaasje fan 'e Covid19-ID no EUA-assay.Mitchell SL en Sint George K. Evaluaasje fan 'e Covid19-ID no EUA-assay. J. Klinysk. Firus. 128, 104429. Https://doei.org/10.1016/j..jcv.2020.104429 (2020).
WSO. Laboratoriumdeteksje fan Coronavirus-sykte 2019 (Covid-19) yn fertochte minsklike sykte. https://www.h.int/Publications/Publication/-200665-361531501 (15 augustus 2020) (WY, 2020).
Udugama, B. et al. Covid-19-diagnosyst: sykten en testen ark. ACS NANO 14 (4), 3822-3835 (2020).
Syed S. et al. Oprjochting fan it College of Pathologen fan East-Afrika - Regionale skoalle fan patology fan it Midden-Easten en Súd-Afrika. Afrika. J. Lab. medisinen. 9 (1), 1-8 (2020).
Etiopyske ynstitút foar iepenbiere sûnens, Federal Ministearje fan sûnens. Interim Nasjonale strategy en begelieding en begelieding foar laboratoarium diagnoaze fan Covid-19. https://rati.gov.et/Images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_Laboratory_diagnosed_eng.pdf (tagong 12 augustus 2020) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falske negative tests foar SARS-COV-2-ynfeksje útdagings en ymplikaasjes. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falske negative tests foar SARS-COV-2-ynfeksje útdagings en ymplikaasjes.Voloschin S., Patel N. en Kesselheim as falske-negative tests foar SARS-COV-2 ynfeksjes en har gefolgen.Voloschin S., Patel N. en Kesselheim As False-negative tests foar provokaasje en de ynfloed fan Sars-Cov-2-ynfeksje. N. ENG. J. Medicine. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI FALSE POSITIVE EN FALSE-NEVATE COVID-CASES: Previnsje-previnsje- en behearstrategyen, faksinaasje, en fierdere perspektiven. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI FALSE POSITIVE EN FALSE-NEVATE COVID-CASES: Previnsje-previnsje- en behearstrategyen, faksinaasje, en fierdere perspektiven. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki ложнополотительные и ложные случаи Covid-19: 19: 19: 19x лачетегикака лечетения лечетения леченикии лечеспикака лечеспия лачения лачения лакцинация и Дальнеййи перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI FALSE POSITIVE EN FALSE NEITEFE GEFALS FAN COVID-19: Respiratoire previnsje en behannelstrategyen, faksinaasje en de wei foarút.Muliu, DS en Gurgulianis, KI FALSE-positive en falsk-negative gefallen fan Covid-19: Strategyen foar respiratoire previnsje en behanneling, faksinaasje en de wei foarút. Ekspert reverend respire. medisinen. 15 (8), 993-1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19-diagnoaze yn 'e Emergency-ôfdieling: de beam sjen, mar it bosk ferlieze. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19-diagnoaze yn 'e Emergency-ôfdieling: de beam sjen, mar it bosk ferlieze.Mouliou, DS, Ioannis, P. en Konstantinos, G. Covid-19-diagnoaze yn 'e Emergency-ôfdieling: Sjoch de beam, ferlieze de bosk.Muliou DS, Ioannis P., en Konstantinos G. Covid-19-diagnoaze yn needkeamers: net genôch bosk foar de beammen. Skine. medisinen. J. HTTBS://doei.org/10.1136/emmerk-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validaasje en validaasje fan 'e analytyske en klinyske prestaasje fan' e ABBUT-Realtime SARS-COV-2 ASSAY. J. Klinysk. Firus. 129, 104474. Https://doei.org/10.1016/j..jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, Aa, Kalantar-neyestanaki, D., Fazlalipour, M. en Aflatoonysk fiif primer sets fan ferskate Genome-regio fan 'e firus fan firus fan firus fan' e konvinsjonele RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, Aa, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, B. B. B. B. B. FY-primer set fan ferskate genede regio's fan Covid-in-ynfeksje fan firus fan firus fan firus fan konvinsjonele RT-PCR.Môle, hr, afshar, aa, kalantar-neyestanaki, D., fazlalipour, B. en aflatunyan fan fiif sets fan 'e figil - 19 genom foar ferdigenings fan virale ynfeksje troch konvinsjonele rt-pcr. Mollaei, Hr, Afshar, Aa, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonysk, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组, 用于通过常规 Rt-PCR 检测病毒感染. Môle, HR, Afshar, Aa, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, B. B. B. B. B. B. FJIR-regio's fan Covid-Regio's fan Covid-19 For Deteksje fan Virale ynfeksje troch konvinsjonele RT-PCR.Mollaei Hr, afshar aa, kalantar-neyestanaki d, fazlalipour m. en aflatunyan B.-sets fan primers fan ferskate regio's fan 'e covid-19-gisome fan variale ynfeksje troch konvinsjonele RT-PCR.Iran. J. Mikrobiology. 12 (3) ,, 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Foarriedige resultaten fan it nasjonale programma fan 'e Nasjonale Bekerâns fan eksterne kwaliteit foar de deteksje fan SARS-COV-2 Genome-sekwinsjes. J. Klinysk. Firus. 129, 104537. Https://doei.org/10.1016/j..jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analytyske evaluaasje fan 'e effektiviteit fan fiif RT-PCR-kits foar slimme akute respiratoarium syndroom Coronavirus 2. J. Klinysk. laboratoarium. anus. 35 (1), E3643 (2021).
Wang B. et al. Evaluaasje fan sân kommersjeel beskikber SARS-COV-2 RNA-deteksje-kits yn Sina basearre op real-time polymerase-ketting (PCR). klinysk. Gemysk. laboratoarium. medisinen. 58 (9), E149-E153 (2020).
van Casteren, PB et al. Ferliking fan sân kommersjele RT-PCR Covid-19 Diagnostyske kits. J. Klinysk. Firus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Fergeliking fan diagnostyske prestaasjes fan twa PCR-kits foar de deteksje fan SARS-COV-2-kearnen soeren. J. Klinysk. laboratoarium. anus. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR, ensfh. In ferlykjende stúdzje fan fjouwer SARS-COV-2 Nucleic Aces-amplific-testen (NAAT) Toand dat ID no op 'e nij signifikant waard degradearre ôfhinklik fan pasjint en foarbyldtype. diagnoaze. mikrobiology. Ynfektearje. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott Molecule. ABBIT Real-Time SARS-COV-2 Ealysepakket ynfoegje. HTTPS://www.molecular.abbott/us/en/products/infektious Taperease-Seizoen/RealtaSs-FoV-2say. 1-12. (Mei yngong fan 10 augustus 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-COV-2 RNA isolaasje mei magnetyske kralen foar rappe grutskalige deteksje troch RT-QPCR en RT-Lamp. Virus 12 (8), 863 (2020).